Về nghiệp vụ, Tổng cục Hải quan đề nghị thực hiện theo quy định Thông tư liên tịch số 84/2013/TTLT-BTC-BCT-BGTVT ngày 25/6/2013 giữa các Bộ Tài chính, Công Thương và Giao thông Vận tải hướng dẫn thực hiện Quyết định 48/2011/QĐ-TTg.

Danh mục chứng từ phải khai báo trên Cổng thông tin NSW được quy định tại mục 1, phụ lục IV, Thông tư 84. Cụ thể gồm các loại như sau: Thông báo đến/rời cảng; Bản khai chung; Danh sách thuyền viên; Danh sách hàng khách; Bản khai hàng hóa; Bản khai hàng hóa nguy hiểm (nếu có, đối với tàu thuyền nhập cảnh); Bản khai dự trữ của tàu (đối với tàu thuyền nhập cảnh, xuất cảnh); Bản khai hành lý thuyền viên (đối với tàu thuyền nhập cảnh); Bản khai hành lý hành khách (nếu có đối với tàu thuyền xuất cảnh); Giấy khai báo y tế hàng hải (đối với tàu thuyền nhập cảnh); Bản khai kiểm dịch thực vật (đối với tàu thuyền nhập cảnh); Bản khai kiểm dịch động vật (đối với tàu thuyền nhập cảnh); Giấy phép rời cảng (đối với tàu thuyền nhập cảnh); Bản khai an ninh tàu biển (đối với tàu thuyền nhập cảnh).

Riêng thủ tục khai báo, sửa đổi, bổ sung đối với vận đơn gom hàng và danh sách khai báo container rỗng, doanh nghiệp thực hiện trên hệ thống e-Manifest như hiện tại.

Bên cạnh đó, Tổng cục Hải quan cũng đề nghị, để tạo thuận lợi cho các doanh nghiệp tham gia triển khai NSW tại cảng biển, các đơn vị ưu tiên xử lý cho các doanh nghiệp  có khai báo trước trên Cổng thông tin NSW, thông báo kịp thời cho doanh nghiệp để sửa đổi, bổ sung các chứng từ cần thiết theo quy định hiện hành, nhanh chóng xử lý hồ sơ của doanh nghiệp sau khi xuất trình đầy đủ.

Công chức hải quan vẫn tác nghiệp trên hệ thống e-Manifest để tiếp nhận và xử lý thông tin như hiện tại. Cán bộ, công chức các Bộ, ngành được cấp tài khoản truy cập và truy cập vào Cổng thông tin NSW theo địa chỉ riêng. Tổng cục Hải quan sẽ cấp tài khoản truy cập cho các cán bộ, công chức các Bộ tham gia hệ thống mà hiện chưa có tài khoản.

Tổng cục Hải quan cũng đã thành lập Tổ triển khai gồm đại diện Ban Cải cách Hiện đại hóa hải quan, Cục CNTT và Thống kê hải quan, Cục Giám sát quản lý nhằm hỗ trợ doanh nghiệp, công chức hải quan và công chức Bộ, ngành trong quá trình thực hiện.

Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan TP. Hải Phòng thành lập Tổ triển khai NSW tại đơn vị với thành phần gồm Trung tâm Dữ liệu và CNTT làm đầu mối cùng phòng nghiệp vụ.

Tổ triển khai của Cục sẽ là đầu mối liên hệ và phối hợp với các doanh nghiệp, các cơ quan quản lý trực thuộc các Bộ, ngành để thúc đẩy việc triển khai NSW tại Hải Phòng. Đảm bảo cơ sở hạ tầng, trang thiết bị, mạng, đường truyền được thông suốt và sẵn sàng đồng thời tham gia hỗ trợ, xử lý vướng mắc về kỹ thuật, nghiệp vụ cho các bên tham gia NSW.

Tổng cục Hải quan cũng hướng dẫn doanh nghiệp về cách sử dụng hệ thống. Theo đó, doanh nghiệp truy cập vào Cổng thông tin NSW theo địa chỉ https://www.vnsw.gov.vn để thực hiện khai báo thông tin các chứng từ và nhận kết quả xử lý của các Bộ, ngành.

Theo quy định tại Điều 21, Thông tư 84 thì quy trình cơ bản trao đổi thông tin giữa Bộ Giao thông Vận tải với Cổng thông tin NSW như sau: Cổng thông tin một cửa quốc gia tiếp nhận thông tin khai, chuyển tiếp thông tin khai báo đến hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông Vận tải. Các cơ quan nhà nước làm thủ tục cho tàu thuyền tại cảng biển sẽ xử lý nghiệp vụ trên phần mềm kết nối đến hoặc xử lý trực tiếp trên hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông Vận tải.

Các cơ quan nhà nước tại cảng biển gồm: Hải quan cửa khẩu, Biên phòng cửa khẩu, cơ quan kiểm dịch y tế quốc tế, cơ quan kiểm dịch thực vật, cơ quan kiểm dịch động vật xem xét hồ sơ chứng từ, thực hiện các hoạt động nghiệp vụ theo quy định của pháp luật và gửi kết quả xử lý về hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông Vận tải. Trường hợp không phê duyệt phải có lý do cụ thể và thông báo về hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông Vận tải.

Trên cơ sở kết quả hoàn thành các thủ tục của các cơ quan nhà nước tại cảng biển nêu trên, Cảng vụ hàng hải xử lý hồ sơ, gửi trả kết quả về Cổng thông tin một cửa quốc gia thông qua hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông vận tải. Trường hợp từ chối, Cảng vụ hàng hải nêu rõ lý do và gửi về Cổng thông tin một cửa quốc gia thông qua hệ thống xử lý chuyên ngành của Bộ Giao thông Vận tải.