Từ ngày 1/3/2025, tổ chức bộ máy cơ quan thuế địa phương được tổ chức thành Chi cục Thuế khu vực và các đội thuế cấp huyện. Theo đó, các Cục Thuế Phú Thọ, Vĩnh Phúc, Yên Bái được hợp nhất thành Chi cục Thuế khu vực VIII với 20 đội thuế cấp huyện. Đến ngày 1/7/2025, Cơ quan thuế địa phương được tổ chức lại thành thuế Tỉnh và Thuế cơ sở đảm bảo đồng bộ với sự sắp xếp của chính quyền địa phương 2 cấp. Theo đó Thuế tỉnh Phú Thọ được hợp nhất từ cơ quan thuế 3 tỉnh gồm: Phú Thọ (cũ), Hòa Bình và Vĩnh Phúc. Đến nay, cơ quan Thuế tỉnh Phú Thọ đã ổn định tổ chức bộ máy theo mô hình mới, đảm bảo bộ máy hoạt động thông suốt và không ảnh hưởng đến hoạt động của người nộp thuế.