Thời gian qua, đại bộ phận NNT trên địa bàn Hà Nội đều chấp hành nghiêm chế độ in, phát hành, quản lý sử dụng hoá đơn. Tuy nhiên, vẫn có một số DN tư nhân, công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty cổ phần và hộ kinh doanh đã có hành vi vi phạm quy định về in, phát hành, sử dụng, quản lý hoá đơn. Nhất là mua, bán hoá đơn bất hợp pháp, lập hoá đơn khống, tạo điều kiện cho NNT khác tính chi phí, kê khai thuế, khấu trừ, giảm số thuế phải nộp và hoàn thuế.

Đặc biệt, lợi dụng việc cấp giấy phép đăng ký kinh doanh với thủ tục đơn giản nên một số DN thành lập nhưng không sản xuất kinh doanh mà chỉ mua, bán hoá đơn để kiếm lời rồi bỏ trốn...Những vi phạm của NNT nêu trên đã gây hậu quả nghiêm trọng làm thất thoát ngân sách nhà nước, ảnh hưởng không tốt đến môi trường kinh doanh và quá trình phát triển, uy tín của cộng đồng DN. 

Để việc quản lý có hiệu quả hơn, ngăn chặn các vi phạm về hoá đơn, Cục Thuế Hà Nội đã chỉ đạo các đơn vị trực thuộc thực hiện tốt quy trình thanh, kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế tại trụ sở NNT, kết hợp với việc kiểm tra việc tạo lập, phát hành, sử dụng hoá đơn. Căn cứ vào từng trường hợp vi phạm cụ thể về hoá đơn, Cục Thuế đã xử lý kịp thời; đồng thời nắm bắt tình hình quản lý và giám sát các hành vi gian lận về hóa đơn trong toàn Ngành. Năm 2012, Cục Thuế đã gửi 10.200 phiếu xác minh hóa đơn, gồm 28.444 số; kết quả trả lời xác minh 7.570 phiếu, chiếm 74,21% số phiếu gửi đi.

Qua xác minh hóa đơn và thanh, kiểm tra tại trụ sở NNT, phát hiện 786 số hóa đơn có vi phạm, truy thu thuế giá trị gia tăng (GTGT) là 1.198 triệu đồng, thuế Thu nhập DN (TNDN) là 1.658 triệu đồng và xử phạt hành vi trốn thuế 646 triệu đồng, xử phạt hành chính 369 triệu đồng. Cục Thuế nhận được 72 công văn của các ngành, Cục Thuế các tỉnh bạn và nội bộ Ngành. Qua rà soát xử lý vi phạm hóa đơn GTGT: kiểm tra xử lý hóa đơn không còn giá trị sử dụng; hóa đơn DN bỏ địa chỉ kinh doanh; DN không còn tồn tại…đã xử lý truy thu và xử phạt 3.578 triệu đồng.

Những năm qua, công tác quản lý, sử dụng hóa đơn đã được đi vào nề nếp. Công tác xử lý vi phạm sử dụng hóa đơn bất hợp pháp đã có tính răn đe và tác dụng đáng kể, bước đầu đã đạt được những kết quả tích cực. Qua đó, hạn chế việc mua, bán hoá đơn khống trên thị trường và cơ bản đã giảm thiểu được tình trạng thành lập DN “ma” để kinh doanh hoá đơn; các hành vi phạm tội chiếm đoạt tiền thuế GTGT đã được hạn chế; Cơ quan thuế và Công an đã phối hợp điều tra tội phạm về hóa đơn, xử lý nghiêm lợi dụng hoá đơn để trốn thuế, chiếm đoạt tiền thuế đã được hạn chế; môi trường kinh doanh, cạnh tranh bình đẳng giữa các cộng đồng DN trong việc sử dụng, quản lý hoá đơn và quản lý thuế đã đi vào nề nếp hơn.

Từ công tác thanh, kiểm tra, Cục Thuế nhận thấy: NNT có nhiều ngành nghề, qui mô hoạt động kinh doanh khác nhau và ý thức tuân thủ pháp luật thuế cũng ở những mức độ khác nhau nên làm cho công tác quản lý thuế gặp rất nhiều khó khăn: dữ liệu báo cáo của ngành Thuế, tính liên kết chưa cao (chỉ có bản cứng) và thiếu các chỉ tiêu cụ thể nên việc xử lý vi phạm hóa đơn còn chậm vì phải tra cứu và gửi xác minh nhiều lần mới có đủ thông tin; báo cáo về quản lý sử dụng, xử lý hóa đơn của một số đơn vị chưa được chú trọng nên việc trả lời xác minh hóa đơn chưa được kịp thời; các văn bản về chế tài xử lý hóa đơn chưa cụ thể vì vi phạm rất đa dạng và phức tạp; Cơ quan thuế không có chức năng điều tra, do đó không đủ căn cứ để xác định việc mua, bán hàng của những hóa đơn là có thật hay không nên việc xử lý còn thiếu tính đồng bộ.

NNT nghỉ kinh doanh hoặc bỏ trốn khỏi địa bàn ngày càng nhiều nhưng thông tin của các Cục Thuế khác gửi xác minh không có các file mềm nên việc cập nhật thông tin, tra cứu của NNT còn hoạt động hay không hoặc hóa đơn không có giá trị để gửi các đơn vị biết và xử lý gặp rất nhiều khó khăn; một số phiếu trả lời kết quả xác minh hóa đơn rất chung chung nên việc xử lý vi phạm của NNT kéo dài...Các cơ quan chức năng phối kết hợp với Cơ quan, khi trả lời kết quả xác minh hóa đơn chuyển Cơ quan thuế còn kéo dài thời gian…

Để xử lý hoá đơn vi phạm, Cục Thuế đã đưa ra một số giải pháp và kiến nghị qua công tác thanh, kiểm tra: Cần có chế tài xử lý về hóa đơn bất hợp pháp cụ thể, chi tiết hơn đối với các dạng vi phạm để thống nhất trong ngành Thuế. Cần có chính sách về tài chính ngân hàng để hạn chế thanh toán, lưu thông tiền mặt trong nền kinh tế. Tăng cường mối quan hệ giữa cơ quan chức năng trong việc phối hợp và trả lời kết quả nhanh hơn, tránh tình trạng chuyển hồ sơ sang điều tra còn bị kéo dài. Việc cấp phép kinh doanh phải chặt chẽ hơn, có đầy đủ thông tin, tránh tình trạng cấp phép quá dễ gây khó khăn cho việc quản lý sau này. Công tác tập hợp dữ liệu trong toàn ngành Thuế thì tin học cơ sở là nền tảng phục vụ công tác quản lý, tra cứu thông tin cần nâng cấp hoàn thiện và kết nối thông suốt; xây dựng hệ thống cơ sở dữ liệu quản lý về các DN bỏ trốn trên phạm vi toàn quốc để phục vụ cho công tác tra cứu chung toàn ngành.