Thông tư số 332/2016/TT-BTC đã quy định nhiều nội dung về việc thu tiền sử dụng đất, đồng thời cũng quy định việc xử lý tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng trong các trường hợp cụ thể:

Trường hợp dự án đầu tư có hình thức sử dụng đất hỗn hợp (giao đất có thu tiền sử dụng đất, giao đất không thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất) mà nhà đầu tư tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng thì việc khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt được tính theo từng loại diện tích.

Thông tư này cũng quy định cụ thể về chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng của phần diện tích đất sử dụng vào mục đích công cộng được giao đất không thu tiền sử dụng đất được phân bổ vào các phần diện tích đất phải nộp tiền sử dụng đất, tiền thuê đất; số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng còn lại (nếu có) được tính vào vốn đầu tư của dự án.

Thông tư nêu rõ, không thực hiện phân bổ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng quy định tại Khoản này vào tiền thuê đất của phần diện tích xây dựng công trình ngầm (không phải là phần ngầm của công trình xây dựng trên mặt đất) hoặc của phần ngầm công trình xây dựng trên mặt đất mà có phần diện tích xây dựng công trình ngầm vượt ra ngoài phần diện tích đất trên bề mặt.