Theo đó, xuất phát từ những nội dung điểm khác nhau trong chuyển đổi ĐVSNCL với Cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước, dự thảo Nghị định đã có những quy định khác so với quy định của Nghị định số 126/2017/NĐ-CP về chuyển doanh nghiệp nhà nước và công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do doanh nghiệp nhà nước đầu tư 100% vốn điều lệ thành công ty cổ phần, cụ thể:

Một là, phân công trách nhiệm của các cơ quan trong chuyển đổi ĐVSNCL: Do quy mô vốn, tài sản của các ĐVSNCL nhìn chung nhỏ hơn doanh nghiệp nhà nước, nên Dự thảo Nghị định tăng cường phân cấp, phân quyền so với quy định tại Nghị định số 126/2017/NĐ-CP, cụ thể: Dự thảo Nghị định có quy định Thủ tướng Chính phủ phê duyệt danh mục chuyển đổi ĐVSNCL; Giao các bộ, cơ quan ngang bộ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt phương án chuyển đổi ĐVSNCL...

Hai là, về phương thức bán cổ phần lần đầu: Dự thảo Nghị định quy định 3 hình thức bán cổ phần lần đầu gồm: Bán đấu giá công khai, Bảo lãnh phát hành; Thỏa thuận trực tiếp. Như vậy, so với Nghị định số 126/2017/NĐ-CP, Dự thảo Nghị định không quy định “phương thức dựng sổ”. Việc không quy định thực hiện theo phương thức dựng sổ nhằm đảm bảo tính thuận lợi cho việc bán cổ phần lần đầu cho ĐVSNCL chuyển đổi theo các phương thức phổ biến trên thị trường hiện nay.

Ba là, đối tượng và điều kiện mua cổ phần, đối với Nhà đầu tư chiến lược: Để đảm bảo nhà đầu tư chiến lược được lựa chọn phù hợp với việc mục tiêu duy trì  việc cung ứng sản phẩm, dịch vụ công của ĐVSNCL chuyển đổi, so với Nghị định số 126/2017/NĐ-CP, Dự thảo Nghị định quy định bổ sung điều kiện đối với nhà đầu tư chiến lược là “Có ngành nghề kinh doanh trong lĩnh vực cung ứng dịch vụ công của ĐVSNCL chuyển đổi”.

Bốn là, sắp xếp lại cơ sở nhà, đất, phương án sử dụng đất của ĐVSNCL: Để tránh các vướng mắc phát sinh trong việc xác định giá trị quyền sử dụng đất vào giá trị ĐVSNCL và các vấn đề phải xử lý như các doanh nghiệp nhà nước được cổ phần hóa, cũng như tránh việc thất thoát tài nguyên, nguồn vốn nhà nước, Dự thảo Nghị định có quy định về hình thức sử dụng đất của ĐVSNCL chuyển đổi là “thuê đất trả tiền hàng năm”. Dự thảo Nghị định không có hình thức giao đất như quy định của Nghị định số 126/2017/NĐ-CP do các ĐVNSCL không có chức năng kinh doanh bất động sản.

Năm là, về xử lý tài chính khi chuyển đổi ĐVSNCL: Trên cơ sở các quy định về cơ chế tài chính, chế độ kế toán của ĐVSNCL, Nghị định có quy định xử lý tài chính phù hợp với đặc điểm đặc thù của ĐVSNCL bao gồm: Xử lý số dư Quỹ bổ sung thu nhập, Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp, Quỹ khen thưởng, Quỹ phúc lợi, Quỹ khác, Quỹ đặc thù của ĐVSNCL, số dư nguồn thực hiện cải cách tiền lương, các khoản kinh phí ĐVSNCL được ngân sách nhà nước, Công ty mẹ hoặc đơn vị cấp trên cấp để thực hiện các đề tài nghiên cứu khoa học và công nghệ, các dự án đầu tư xây dựng cơ bản, mua sắm trang thiết bị...

Sáu là, về phương pháp xác định giá trị ĐVSNCL: Dự thảo Nghị định bổ sung thêm quy định “Trường hợp chỉ sử dụng 01 phương pháp để xác định định giá trị ĐVSNCL, tổ chức tư vấn xác định giá trị phải báo cáo lý do không đủ cơ sở áp dụng các phương pháp khác để cơ quan có thẩm quyền quyết định giá trị  ĐVSNCL xem xét, quyết định”.

Bẩy là, về xác định giá trị ĐVSNCL: Dự thảo Nghị định quy định “Tổng giá trị thực tế của ĐVSNCL chuyển đổi là giá trị toàn bộ tài sản của đơn vị tại thời điểm xác định giá trị đơn vị sau khi đánh giá lại có tính đến giá trị nhãn hiệu, tên thương mại của đơn vị”.

Tám là, về sử dụng kết quả xác định giá trị ĐVSNCL chuyển đổi: Tại dự thảo Nghị định quy định: “ĐVSNCL căn cứ kết quả xác định giá trị ĐVSNCL để điều chỉnh lại sổ sách kế toán”. Lý do việc chuyển đổi ĐVSNCL là thay đổi đổi mô hình tổ chức hoạt động của đơn vị từ là đối tượng điều chỉnh của Luật Quản lý tài sản công thành đối tượng điều chỉnh của Luật Doanh nghiệp và Luật Quản lý, sử dụng vốn Nhà nước tại doanh nghiệp. Luật Quản lý tài sản công và các văn bản hướng dẫn quy định khi chuyển đổi mô hình hoạt động của các ĐVSNCL sang mô hình doanh nghiệp phải thực hiện xác định lại giá trị tài sản theo nguyên tắc thị trường. Do đó, việc điều chỉnh sổ sách theo giá trị tài sản được đánh giá lại là cần thiết để doanh nghiệp chuyển đổi từ ĐNVSL đảm bảo nguyên tắc tính đúng tỉnh đủ chi phí theo giá thị trường khi chuyển đổi sang mặt bằng tài chính doanh nghiệp.

Chín là, về chính sách ưu đãi cho ĐVSNCL chuyển đổi và người lao động, người quản lý trong ĐVSNCL chuyển đổi: Do đặc điểm của các ĐVSNCL là đơn vị cung cấp dịch vụ công, còn sử dụng nguồn kinh phí do ngân sách nhà nước cấp, việc chuyển đổi mô hình hoạt động theo quy định của Luật Doanh nghiệp và theo nguyên tắc thị trường sẽ không tránh khỏi các khó khăn trong giai đoạn đầu chuyển đổi. Do vậy, Nghị định quy định các doanh nghiệp chuyển đổi từ ĐVSNCL được hưởng ưu đãi như doanh nghiệp thành lập mới và quy định các ưu đãi đối với người lao động trong ĐVSNCL tương đương mức đang quy định tại Quyết định số 22/2015/QĐ-TTg, cao hơn so với mức hiện đang được quy định tại Nghị định số 126/2017/NĐ-CP.

Ngoài ra, trong quá trình xây dựng Nghị định đã cập nhật những nội dung dự kiến sửa đổi, bổ sung Nghị định số 126/2017/NĐ-CP nhằm tránh những vướng mắc trong cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước thời gian qua.