Theo đó, doanh nghiệp ưu tiên gồm ba loại: Doanh nghiệp được ưu tiên trong xuất khẩu, nhập khẩu tất cả các mặt hàng, loại hình xuất khẩu, nhập khẩu (loại 1); Doanh nghiệp được ưu tiên trong xuất khẩu hàng hóa là nông sản, thủy sản, dệt may, da giày và nhập khẩu hàng hóa là nguyên phụ liệu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu (loại 2); Doanh nghiệp được Bộ Khoa học và Công nghệ cấp giấy chứng nhận là doanh nghiệp công nghệ cao theo quy định của Luật Công nghệ cao được ưu tiên trong nhập khẩu hàng hóa phục vụ sản xuất, xuất khẩu sản phẩm công nghệ cao (loại 3). 

Thông tư quy định, điều kiện doanh nghiệp ưu tiên, doanh nghiệp được xét chế độ ưu tiên phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện về tuân thủ pháp luật, điều kiện về thanh toán, điều kiện về kim ngạch…

Đối với điều kiện về tuân thủ pháp luật,  thời hạn đánh giá quá trình tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp là 24 tháng trở về trước, kể từ ngày Tổng cục Hải quan nhận được văn bản của doanh nghiệp đề nghị được công nhận là doanh nghiệp ưu tiên. Trong thời hạn quy định, doanh nghiệp không vi phạm pháp luật về thuế, hải quan tới mức bị xử lý.

Điều kiện về kế toán, tài chính, doanh nghiệp phải áp dụng chuẩn mực kế toán được Bộ Tài chính chấp nhận. Mọi hoạt động kinh tế phải được phản ánh đầy đủ trong sổ kế toán. Báo cáo tài chính hằng năm được công ty kiểm toán đủ điều kiện chấp nhận các nội dung trọng yếu và đánh giá hoạt động kinh doanh có hiệu quả, không có khoản nợ thuế quá hạn trong 2 năm liền kề năm xem xét.

Điều kiện về kim ngạch, đối với doanh nghiệp được ưu tiên loại 1, kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu tối thiểu đạt 200 triệu USD/năm.

Đối với doanh nghiệp được ưu tiên loại 2, kim ngạch xuất khẩu tối thiểu đạt 50 triệu USD/năm.

Kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu quy định trên là kim ngạch bình quân trong 2 (hai) năm xem xét.

Đối với doanh nghiệp được ưu tiên loại 3, không quy định kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu.

Thông tư 86 có hiệu lực thi hành kể từ ngày 11/8/2013.