Theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan, hết thời hạn lô hàng được phép lưu giữ tại Việt Nam, chi cục hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu có văn bản thông báo cho doanh nghiệp biết để thanh khoản hồ sơ.

Đối với tất cả các trường hợp quá 45 ngày kể từ ngày phải nộp hồ sơ thanh khoản nhưng doanh nghiệp chưa đến thanh khoản hồ sơ tạm nhập (TN), chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai TN thực hiện ấn định thuế nhập khẩu, thuế Giá trị gia tăng và các thuế khác (nếu có). Doanh nghiệp được hoàn lại số tiền thuế đã nộp theo quy định khi hoàn thành thủ tục thanh khoản tờ khai TN.

Trường hợp doanh nghiệp bỏ trốn khỏi địa phương, Đội kiểm soát hải quan phối hợp với cơ quan liên quan để truy tìm doanh nghiệp và yêu cầu doanh nghiệp nộp thuế nhập khẩu và thuế Giá trị gia tăng đối với hàng hóa chưa tái xuất và chấp hành các quy định pháp luật đối với hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất.

Xử lý thuế đối với hàng tạm nhập tái xuất chậm thanh khoản là một trong những biện pháp của Tổng cục Hải quan nhằm tăng cường công tác quản lý nhà nước về hải quan và chống gian lận, trốn thuế đối với loại hình này.