Theo đó, bãi bỏ các quy định dưới đây:

+ Thông tư số 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/2010;

+ Thông tư số 92/2010/TT-BTC ngày 17/06/2010;

+ Thông tư số 106/2005/TT-BTC ngày 05/12/2005;

+ Thông tư số 128/2010/TT-BTC ngày 26/08/2010;

+ Thông tư số 01/2012/TT-BTC ngày 03/01/2012;

+ Mục 2 Chương II, Chương III Thông tư số 49/2010/TT-BTC ngày 12/4/2010;

+ Điểm c khoản 3 Điều 2 Thông tư số 193/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012;

+ Quy định về thời hạn nộp thuế tại khoản 2 Điều 4, khoản 1 Điều 11, điểm 1.2.5.4 và điểm 1.2.6 khoản 1 Điều 14 Thông tư số 205/2010/TT-BTC ngày 15/12/2010;

+ Quy định về thời hạn nộp thuế dầu thô xuất khẩu tại khoản 2 Điều 10 Thông tư 32/2009/TT-BTC ngày 19/02/2009;

+ Điều 12 Thông tư số 155/2011/TT-BTC ngày 11/11/2011;

+ Và các nội dung hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu do Bộ Tài chính ban hành trước ngày Thông tư số 128/2013/TT-BTC có hiệu lực thi hành không phù hợp với hướng dẫn tại Thông tư này.

Thông tư số 128/2013/TT-BTC cũng quy định các tờ khai hải quan đăng ký từ ngày 01/7/2013 có phát sinh các thủ tục hướng dẫn tại Thông tư này thì thực hiện theo hướng dẫn hiện hành của Bộ Tài chính đến thời điểm Thông tư này có hiệu lực thi hành (tức ngày 01/11/2013).

Thủ tục hải quan đối với một số loại hình hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đã hướng dẫn tại Thông tư số 196/2012/TT-BTC nhưng được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư này thì thực hiện nội dung sửa đổi, bổ sung tại Thông tư này.

Các nội dung về quản lý thuế đã được quy định tại Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế thì thực hiện theo thời điểm có hiệu lực của Luật (ngày 01/7/2013).

Cách xác định tiền chậm nộp tiền thuế đối với các tờ khai hải quan đăng ký trước ngày 01/7/2013 nhưng người nộp thuế chậm nộp thuế và thực hiện nộp thuế sau ngày 01/7/2013 thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 131 Thông tư này. Cụ thể:

+ Mức tính số tiền chậm nộp được xác định là 0,05% mỗi ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp đối với số ngày chậm nộp không quá 90 ngày; 0,07% mỗi ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp đối với số ngày chậm nộp vượt quá thời hạn 90 ngày

+ Trường hợp quá thời hạn 90 ngày kể từ ngày đến hạn nộp thuế nhưng phát sinh trước thời điểm Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế thì số tiền chậm nộp được tính mức 0,05% đến ngày 30/6/2013. Từ ngày 01/7/2013 trở đi thì tiền chậm nộp thuế được tính mức 0,07%.

+ Trường hợp được nộp dần tiền thuế nợ, người nộp thuế nộp tiền chậm nộp theo mức 0,05% mỗi ngày tính trên số tiền chậm nộp trong thời gian được nộp dần tiền thuế nợ.

Số ngày chậm nộp tiền thuế được tính từ ngày tiếp sau ngày cuối cùng của thời hạn nộp thuế, thời hạn gia hạn nộp thuế, thời hạn ghi trong thông báo hoặc trong quyết định xử lý của cơ quan hải quan và văn bản xử lý về thuế của cơ quan có thẩm quyền đến trước ngày người nộp thuế hoặc cơ quan, tổ chức thu tiền thuế, tổ chức bảo lãnh nộp số tiền thuế chậm nộp vào ngân sách nhà nước.

Quá trình thực hiện, nếu các văn bản liên quan đề cập tại Thông tư số 128/2013/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo văn bản mới được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế.