Quy chế làm việc của cơ quan KBNN gồm 9 chương, 46 điều, đối tượng áp dụng của Quy chế là công chức, người lao động, các đơn vị thuộc cơ quan KBNN; các cơ quan, tổ chức, cá nhân có quan hệ công tác với cơ quan KBNN.

Theo Quy chế này, nguyên tắc làm việc phải bảo đảm sự lãnh đạo của Đảng, thực hiện nguyên tắc tập trung dân chủ, rõ ràng, công khai, minh bạch, đoàn kết nhằm phát huy sức mạnh của tập thể Lãnh đạo KBNN, các đơn vị trong thực hiện nhiệm vụ. Việc phân công nhiệm vụ cụ thể, đề cao trách nhiệm cá nhân, nhất là người đứng đầu đơn vị, nhằm nâng cao hiệu quả giải quyết công việc.

Quy chế nêu rõ việc giải quyết công việc phải thực hiện theo chế độ Thủ trưởng, trong đó cấp dưới phải nghiêm túc chấp hành sự lãnh đạo, chỉ đạo của cấp trên, không chuyển các công việc thuộc thẩm quyền giải quyết của đơn vị lên cơ quan cấp trên; cấp trên không làm thay công việc của cấp dưới và ngược lại.

Quy chế cũng quy định rõ ràng trách nhiệm của lãnh đạo các cấp trong hệ thống KBNN. Giám đốc KBNN chịu trách nhiệm toàn diện về hoạt động của toàn hệ thống và trực tiếp quyết định những vấn đề quan trọng như chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển dài hạn, trung hạn và hằng năm, cũng như các đề án, dự án lớn liên quan đến quản lý ngân quỹ nhà nước. Trong khi đó, các Phó Giám đốc được giao trực tiếp chỉ đạo và điều hành các lĩnh vực công tác cụ thể, chịu trách nhiệm trước Giám đốc và trước pháp luật về các quyết định và hoạt động trong phạm vi được phân công.

Quy chế nhấn mạnh việc thúc đẩy mạnh mẽ ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác chỉ đạo, điều hành và quản lý, nhằm nâng cao hiệu quả giải quyết công việc và đáp ứng yêu cầu hiện đại hóa nền hành chính công.

Quy chế này cũng đặt ra các yêu cầu nghiêm ngặt trong thực hiện chế độ báo cáo, quản lý văn bản và thủ tục hành chính. Việc bảo vệ bí mật nhà nước, thực hiện kỷ luật lao động và quy tắc ứng xử công sở được đặc biệt chú trọng. Môi trường làm việc tại KBNN phải đảm bảo văn minh, trật tự, kỷ luật và hiệu quả cao.

Bên cạnh đó, Quy chế cũng quy định rõ về chương trình công tác của cơ quan KBNN; tổ chức các hội nghị và cuộc họp; tiếp khách, đi công tác; chế độ báo cáo và cung cấp thông tin.

Theo Quy chế này, thủ trưởng các đơn vị có trách nhiệm phổ biến, quán triệt Quy chế này tới công chức, người lao động trong đơn vị mình; đồng thời phản ánh, kiến nghị sửa đổi, bổ sung nếu thấy cần thiết. Thủ trưởng các đơn vị căn cứ Quy chế làm việc của KBNN này để ban hành Quy chế làm việc của đơn vị cho phù hợp với chức năng, nhiệm vụ của đơn vị mình (nếu cần thiết).

Việc ban hành Quy chế làm việc của cơ quan KBNN là cơ sở quan trọng để cơ quan KBNN thực hiện tốt nhiệm vụ quản lý tài chính, ngân sách nhà nước, đồng thời đáp ứng tốt yêu cầu cải cách hành chính, tăng cường kỷ luật, kỷ cương hành chính, nhằm khắc phục tình trạng chậm trễ, thiếu trách nhiệm, né tránh trách nhiệm trong công tác chỉ đạo, điều hành, tổ chức thực hiện chủ trương, chính sách, pháp luật, thực thi công vụ góp phần xây dựng hình ảnh hệ thống KBNN chuyên nghiệp, minh bạch, hiện đại, hiệu lực, hiệu quả và phục vụ tốt hơn cho khách hàng trong thời gian tới.