Quy định về hồ sơ hoàn thuế, từ Điều 115 đến Điều 127, dự thảo Thông tư đã lược bỏ nhiều giấy tờ, tài liệu so với quy định tại Thông tư 128/2013/TT-BTC để phù hợp với chủ trương cải cách thủ tục hành chính.

Theo đó, về cơ bản hồ sơ hoàn thuế gồm: Công văn đề nghị hoàn thuế trong đó nêu rõ số tờ khai hải quan hàng hóa XNK đề nghị hoàn thuế; tên hàng, số thứ tự dòng hàng, số lượng hàng hóa trên tờ khai hải quan (đối với trường hợp đề nghị hoàn thuế một phần của tờ khai hải quan); Số tiền thuế XNK đã nộp; số tiền thuế XK, NK yêu cầu hoàn. Ngoài ra tùy từng trường hợp đặc thù DN phải nộp chứng từ liên quan.

Riêng về chứng từ thanh toán hàng XK trong hồ sơ hoàn thuế, tại Thông tư số 128/2013/TT-BTC quy định trong hồ sơ hoàn thuế có bao gồm chứng từ thanh toán hàng XK, không phân biệt trường hợp hoàn trước kiểm sau, kiểm trước hoàn sau. Tuy nhiên, trên thực tế, chứng từ thanh toán là căn cứ cần thiết để xét hoàn thuế cho DN để đảm bảo việc có thực tế XK, cụ thể là: để được hoàn trước kiểm sau thì phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng (như quy định của Luật Quản lý thuế), đối với hồ sơ thuộc diện kiểm trước hoàn sau thì khi kiểm tra hải quan có thể kiểm tra chứng từ thanh toán nếu cần để xác định có thực tế xuất khẩu.

Vì vậy, để rõ ràng và phù hợp với quy định của Luật Quản lý thuế về điều kiện phân loại hồ sơ hoàn thuế trước kiểm tra sau, dự thảo Thông tư sửa đổi theo hướng chuyển chứng từ thanh toán trong hồ sơ hoàn thuế sang quy định thành một trong các điều kiện để được hoàn thuế trước, kiểm tra sau.

Được biết, chỉ số nộp thuế trong Báo cáo môi trường kinh doanh 2016 của Ngân hàng Thế giới sẽ mở rộng thêm 3 tiêu chí sau kê khai thuế - vốn cũng là gánh nặng thủ tục hành chính với doanh nghiệp, trong đó có hoàn thuế. Nhiều ý kiến nói đây sẽ là một thử thách mới đối với Việt Nam để có thể cải thiện vị trí về môi trường kinh doanh theo xếp hạng của WB.

Mới đây, tại Nghị quyết phiên họp thường kỳ tháng 1/2015, Chính phủ đã yêu cầu Bộ Tài chính giải quyết nhanh và đúng chế độ đối với các hồ sơ hoàn thuế, đồng thời công khai quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế và các hồ sơ khiếu nại, kiến nghị về thuế.

DN tự quyết thời hạn nộp hồ sơ không thu thuế

Thông tư 128 quy định thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế chậm nhất 60 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai XK cuối cùng đối với trường hợp hoàn thuế, không thu thuế NK; chậm nhất 60 ngày đăng ký tờ khai NK cuối cùng đối với trường hợp hoàn thuế, không thu thuế XK.

Để cải cách thủ tục hành chính và phù hợp thực tế, Điều 128 dự thảo Thông tư sửa đổi quy định về thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế theo hướng: Không quy định thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế (thực hiện theo nguyên tắc, tổ chức cá nhân đã nộp thuế thì tự quyết định thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế), chỉ quy định thời hạn nộp hồ sơ không thu thuế NK, XK.

Sửa đổi quy định đối với hàng hóa NK để sản xuất hàng hóa XK theo hướng: chậm nhất là ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính, người nộp thuế nộp hồ sơ không thu thuế NK tương ứng với các tờ khai hàng hóa XK phát sinh trong năm tài chính cho cơ quan Hải quan. Người nộp thuế tự quyết định việc nộp hồ sơ không thu thuế NK một lần cùng với báo cáo quyết toán theo quy định tại Điều 59 dự thảo Thông tư này hoặc nhiều lần trong thời hạn quy định trên.

Cùng với đó, kế thừa quy định tại Thông tư 128 về thời hạn nộp hồ sơ không thu thuế đối với các trường hợp khác là 60 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hàng hóa XK, NK cuối cùng.

Dự thảo cũng bỏ điều kiện về thời hạn 365 ngày đối với một số trường hợp.