Theo đó, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn làm chủ trì 3 Chương trình: Chương trình mục tiêu phát triển kinh tế thủy sản bền vững (Đầu tư 49.248 tỷ đồng); Chương trình mục tiêu phát triển lâm nghiệp bền vững (Đầu tư 59.599 tỷ đồng); Chương trình mục tiêu tái cơ cấu kinh tế nông nghiệp và phòng chống giảm nhẹ thiên tai, ổn định đời sống dân cư (Đầu tư 529.935 tỷ đồng).

Bộ Y tế làm chủ 2 Chương trình: Chương trình mục tiêu y tế - Dân số (Đầu tư 20.413 tỷ đồng); Chương trình mục tiêu đầu tư phát triển hệ thống y tế địa phương (Đầu tư 22.500 tỷ đồng).

Bộ Công an làm chủ Chương trình mục tiêu đảm bảo trật tự an toàn giao thông, phòng cháy chữa cháy, phòng chống tội phạm và ma túy (Đầu tư 9.227 tỷ đồng).

Bộ Quốc phòng chủ trì Chương trình mục tiêu công nghiệp quốc phòng thực hiện Nghị Quyết số 06-NQ/TW của Bộ Chính trị (Đầu tư 27.229 tỷ đồng).

Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì 4 Chương trình: Chương trình mục tiêu quốc phòng an ninh trên địa bàn trọng điểm (Đầu tư 18.985 tỷ đồng); Chương trình mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội các vùng (Đầu tư 189.337 tỷ đồng); Chương trình mục tiêu hỗ trợ vốn đối ứng ODA cho các địa phương (Đầu tư 10.000 tỷ đồng); Chương trình mục tiêu đầu tư hạ tầng khu kinh tế ven biển, khu kinh tế cửa khẩu, khu công nghiệp, cụm công nghiệp, khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao (Đầu tư 63.600 tỷ đồng).

Bộ Giáo dục và Đào tạo chủ trì Chương trình mục tiêu giáo dục vùng núi, vùng dân tộc thiểu số, vùng khó khăn (Đầu tư 5.100 tỷ đồng).

Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội chủ trì 2 Chương trình: Chương trình mục tiêu giáo dục nghề nghiệp - việc làm và an toàn lao động (Đầu tư 15.520 tỷ đồng); Chương trình mục tiêu phát triển hệ thống trợ giúp xã hội (Đầu tư 11.655 tỷ đồng).

Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch chủ 2 trì Chương trình: Chương trình mục tiêu phát triển văn hóa (Đầu tư 13.267 tỷ đồng); Chương trình mục tiêu phát triển hạ tầng du lịch (Đầu tư 35.000 tỷ đồng).

Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì 2 Chương trình: Chương trình mục tiêu xử lý triệt để các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng thuộc đối tượng công ích (Đầu tư 4.648 tỷ đồng); Chương trình mục tiêu Ứng phó với biến đổi khí hậu và tăng trưởng xanh (Đầu tư 15.866 tỷ đồng).

Bộ Công Thương chủ trì Chương trình mục tiêu cấp điện nông thôn, miền núi và hải đảo (Đầu tư 30.186 tỷ đồng)

Bộ Thông tin và Truyền thông chủ trì Chương trình mục tiêu công nghệ thông tin (Đầu tư 7.920 tỷ đồng).

Đối với Chương trình mục tiêu Biển Đông - Hải đảo bảo đảm cho lĩnh vực Quốc phòng an ninh trên biển và hải đảo giai đoạn 2016 - 2020, Chính phủ yêu cầu thực hiện theo Quyết định số 610/QĐ-TTg ngày 08/5/2015 củaThủ tướng Chính phủ.