Theo đó, nhằm tạo sự chuyển biến mạnh mẽ, thực chất về chất lượng đào tạo của hệ thống giáo dục đại học đến năm 2025, Chính phủ đã đặt ra một số mục tiêu cụ thể như sau:

Thứ nhất, về chất lượng sinh viên tốt nghiệp: Đề án đặt mục tiêu 100% sinh viên tốt nghiệp đạt chuẩn đầu ra kể cả chuẩn trình độ ngoại ngữ, tin học, kỹ năng mềm để sẵn sàng tham gia vào thị trường lao động.

Thứ hai, về điều kiện bảo đảm chất lượng và kiểm định chất lượng giáo dục, phấn đấu 100% giảng viên đại học có trình độ thạc sĩ hoặc tương đương trở lên, trong đó it nhất 35% có trình độ tiến sĩ; Phấn đấu 100% cơ sở giáo dục đại học (đủ điều kiện) thực hiện kiểm định chất lượng giáo dục, trong đó khoảng 10% được kiểm định bởi các tổ chức kiểm định nước ngoài có uy tín; Trên 35% chương trình đạo tạo được kiểm định trong nước hoặc nước ngoài, trong đó 100% chương trình đào tạo giáo viên ở tất cả các trình độ được kiểm định.

Thứ ba, về tự chủ đại học: Phấn đấu 100% cơ sở giáo dục đại học thực hiện tốt cơ chế tự chủ gắn với trách nhiệm giải trình.

Thứ tư, về hội nhập quốc tế: Phấn đấu 100% cơ sở giáo dục đại học khai thác và sử dụng các chương trình đào tạo, học liệu mở được chia sẻ trực tuyến bởi các trường đại học có uy tín trên thế giới; Trên 70% cơ sở giáo dục đại học có hoạt động trao đổi giảng viên, sinh viên với các trường đại học trong khu vực và trên thế giới; Trên 70% cơ sở giáo dục đại học có ngành đào tạo trong số 8 ngành đã được công nhận lẫn nhau trong khu vực ASEAN hoàn thành các thủ tục công nhận tương đương bằng cấp và chuyển đổi tín chỉ/học phần với các trường đại học trong khu vực;

Đồng thời, có ít nhất 02 cơ sở giáo dục đại học được xếp hạng trong số 100 trường đại học tốt nhất Châu Á, 10 cơ sở giáo dục đại học được xếp hạng trong số 400 trường đại học tốt nhất Châu Á, 04 cơ sở giáo dục đại học được xếp hạng trong số 1.000 trường đại học hàng đầu thế giới theo các bảng xếp hạng quốc tế có uy tín.

Thứ năm, về nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ và phục vụ cộng đồng: Phải có trên 30% cơ sở giáo dục đại học có ít nhất 03 đề tài, chương trình hoặc dự án hợp tác với nước ngoài trong nghiên cứu khoa học hằng năm; trên 50% cơ sở giáo dục đại học thực hiện được ít nhất 02 đề tài nghiên cứu khoa học hoặc chuyển giao công nghệ cho các tổ chức trong và ngoài nước; Trên 50% cơ sở giáo dục đại học tổ chức được ít nhất 01 hội thảo quốc tế hằng năm;  Đồng thời, có ít nhất 10 tạp chí khoa học của các cơ sở giáo dục đại học trong nước được nâng cấp đạt chuẩn của các tạp chí quốc tế trong khu vực ASEAN và thế giới.

Thứ sáu, về chương trình đào tạo: Đề án đặt mục tiêu có trên 50% cơ sở giáo dục đại học sử dụng toàn bộ hoặc tích hợp một phần nội dung chương trình đào tạo và giáo trình của nước ngoài vào các chương trình đào tạo của nhà trường; Phấn đấu 100% chương trình đào tạo có mục tiêu, nội dung được thiết kế đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội và thị trường lao động.

Nguồn kinh phí thực hiện Đề án được bảo đảm từ nguồn ngân sách nhà nước, đóng góp của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước; nguồn xã hội hóa và các nguồn thu hợp pháp khác theo quy định của pháp luật hiện hành. Kinh phí thực hiện các nhiệm vụ, giải pháp của Đề án từ nguồn ngân sách nhà nước được giao trong dự toán hằng năm của Bộ Giáo dục và Đào tạo, các bộ, ngành, địa phương, các cơ sở giáo dục đại học và các bên liên quan theo quy định của pháp luật ngân sách nhà nước hiện hành.