Theo quy định hiện hành, tất cả hàng xuất khẩu vào khu kinh tế thương mại đặc biệt ở nước ta được miễn thuế, còn hàng hóa nhập khẩu vào cũng được hoàn thuế giá trị gia tăng. Tuy nhiên, với cơ chế tính thuế đặc thù theo phương pháp khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào, nhất là hoàn thuế đối với hàng xuất khẩu, không ít doanh nghiệp đã gian lận trốn thuế. Trong đó, doanh nghiệp thường hạch toán sai quy định về phân bổ thuế VAT đầu vào được khấu trừ, hay đưa vào khấu trừ hàng hóa chịu thuế, tạo hồ sơ khống xuất khẩu, thành lập doanh nghiệp chuyên mua bán hóa đơn...

Theo số liệu của Cục Điều tra chống buôn lậu, Tổng cục Hải quan, ước tính đến hết tháng 10/2013, toàn hệ thống ngành hải quan đã phát hiện và xử lý gần 20.000 vụ buôn lậu, gian lận thương mại, giá trị hàng hóa vi phạm hơn 300 tỷ đồng, trong đó có 2 vụ chứa đựng hành vi chiếm đoạt thuế VAT, số tiền lên tới hơn 100 tỷ đồng.

Lượng hàng hóa xuất khẩu vào khu kinh tế thương mại đặc biệt thường để phục vụ nhu cầu tiêu dùng của cư dân sinh sống tại đây, cũng như để xuất khẩu ra nước ngoài. Nhưng theo khảo sát tại một số khu kinh tế thương mại đặc biệt, thì một nửa số lượng hàng hóa được nhập vào đây bị thẩm lậu ra nội địa, nhằm hưởng hoàn thuế VAT. Trước thực trạng này, Phó cục trưởng Cục hải quan Quảng Trị Bùi Thanh San cho rằng, không nên hoàn thuế cho tất cả hàng hóa vào khu thương mại đặc biệt mà nên chọn lọc và tập trung ưu tiên hoàn thuế cho một số mặt hàng. Thực tế, lực lượng hải quan tỉnh Quảng Trị đã đề xuất UBND tỉnh bỏ một số loại hàng hóa không khuyến khích nhập khẩu ra khỏi danh sách hàng hóa được hoàn thuế VAT.

Tại khu kinh tế thương mại cửa khẩu Cầu Treo, tỉnh Hà Tĩnh cũng vừa phát hiện thêm một hình thức lợi dụng chính sách thông thoáng của Nhà nước. Cụ thể, doanh nghiệp đã lợi dụng quy định hàng hóa xuất nhập khẩu vào khu kinh tế thương mại cửa khẩu không phải kiểm tra thực tế mà cho thông quan ngay, để khai khống hàng hóa nhằm giảm tiền thuế phải đóng. Phó cục trưởng Cục Hải quan Hà Tĩnh Trần Đình Lục cho biết, Hải quan Hà Tĩnh đã áp dụng Văn bản số 12485 của Bộ Tài chính để kiểm tra 100% hàng hóa xuất khẩu vào khu kinh tế thương mại đặc biệt và đóng dấu kiểm soát vào từng thùng hàng; đồng thời, tăng cường lực lượng bám sát để khi hàng vào khu kinh tế làm thủ tục thì kiểm đếm chi tiết. Sự kiểm tra chặt chẽ này đã giúp ngăn chặn việc lợi dụng chính sách thông thoáng để khai gian, trốn thuế.

Hiện nay, ngành tài chính đang quyết liệt tìm giải pháp để tránh các hành vi gian lận hoàn thuế giá trị gia tăng như: tăng cường cho lực lượng hải quan, thuế nội địa kiểm soát chặt chẽ những đối tượng nghi vấn, giám sát và làm thủ tục giám sát cả phương tiện, thanh toán tiền hàng xuất khẩu kết nối với cơ quan thuế nội địa để quản lý chặt chẽ thủ tục xuất khẩu được hoàn thuế. Luật Thuế giá trị gia tăng có hiệu lực từ ngày 1/1/2014 đã nâng điều kiện hoàn thuế đối với các trường hợp có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong 3 tháng liên tục như hiện nay lên 12 tháng liên tục. Với quy định mới về điều kiện hoàn thuế này, cũng như sự tăng cường kiểm tra, kiểm soát của lực lượng chức năng, thì chắc chắn tình trạng gian lận và nhu cầu hoàn thuế giá trị gia tăng sẽ giảm mạnh.