Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ Gia Ý thành lập vào tháng 4/2019, khi đó khai báo hình thức kê khai thuế theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu. Công ty sử dụng hóa đơn bán hàng để thực hiện theo hình thức này. Tuy nhiên, trong quá trình ký kết hợp đồng với nhiều đối tác, do một số đối tác chưa hiểu rõ và không phân biệt được giữa hóa đơn bán hàng, hóa đơn GTGT và yêu cầu Công ty phải cung cấp hóa đơn GTGT khi làm hồ sơ nghiệm thu hợp đồng thì mới đồng ý ký hợp đồng với Công ty.

Từ những khó khăn trên, Công ty đề nghị cơ quan quản lý nhà nước hướng dẫn các thủ tục để khai báo và thực hiện chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT từ phương pháp trực tiếp sang phương pháp khấu trừ.

Giải đáp vướng mắc của Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ Gia Ý, Tổng cục Thuế cho biết, Khoản 1 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung theo quy định tại khoản 3 Điều 3 Thông tư số 119/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính) đã quy định cụ thể về phương pháp khấu trừ thuế.

Theo đó, phương pháp khấu trừ thuế áp dụng đối với cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ. Trong đó có cơ sở kinh doanh đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ từ 1 tỷ đồng trở lên và thực hiện đây đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ, trừ hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp; Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, trừ hộ, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp...

Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế gồm cả doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT dưới một tỷ đồng đã thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ...

Ngoài ra, khi hết năm dương lịch đầu tiên từ khi thành lập, nếu doanh nghiệp, hợp tác xã có doanh thu từ 1 tỷ đồng trở lên và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ thì tiếp tục áp dụng phương pháp khấu trừ thuế; nếu doanh nghiệp, hợp tác xã không đạt mức doanh thu từ 1 tỷ đồng trở lên nhưng vẫn thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ thì được đăng ký tự nguyện tiếp tục áp dụng phương pháp khấu trừ thuế theo hướng dẫn tại điểm a khoản 3 Điều này. Sau năm dương lịch đầu tiên từ khi thành lập, doanh nghiệp, hợp tác xã áp dụng ổn định phương pháp tính thuế trong 2 năm liên tục.

Tại Công văn số 4253/TCT-CS ngày 20/9/2017 của Tổng cục Thuế về việc giới thiệu điểm mới tại Thông tư số 93/2017/TT-BTC ngày 19/9/2017 về phương pháp tính thuế hướng dẫn, trước đây, khi chuyển đổi áp dụng các phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (từ phương pháp trực tiếp sang phương pháp khấu trừ và ngược lại) thì cơ sở kinh doanh phải nộp Mẫu 06/GTGT đến cơ quan thuế.

Tuy nhiên, kể từ ngày Thông tư số 93/2017/TT-BTC có hiệu lực, việc xác định phương pháp tính thuế GTGT căn cứ theo Hồ sơ khai thuế GTGT do cơ sở kinh doanh gửi đến cơ quan thuế. Trong đó, nếu cơ sở kinh doanh đăng ký áp dụng thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì gửi Tờ khai thuế GTGT Mẫu số 01/GTGT, 02/GTGT đến cơ quan thuế; Nếu cơ sở kinh doanh đăng ký áp dụng phương pháp trực tiếp thì gửi Tờ khai thuế GTGT Mẫu số 03/GTGT, 04/GTGT đến cơ quan thuế.

Căn cứ các quy định nêu trên, Tổng cục Thuế hướng dẫn, trường hợp Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ Gia Ý thành lập vào tháng 4/2019, khi hết năm dương lịch đầu tiên từ khi thành lập, nếu Công ty có doanh thu từ 1 tỷ đồng trở lên và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ hoặc không đạt mức doanh thu từ 1 tỷ đồng trở lên nhưng vẫn thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng tin nếu tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế thì Công ty gửi Tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT, 02/GTGT đến cơ quan Thuế để kê khai thuế GTGT và đồng thời đăng ký phương pháp tính thuế GTGT cho năm tiếp theo theo phương pháp khấu trừ.