Theo Cục Thuế tỉnh Gia Lai, tại Khoản 8, Điều 1,Thông tư 65/2013/TT-BTC  đã quy định rõ những trường hợp được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào phục vụ cho sản xuất kinh doanh ở tất cả các khâu đầu tư xây dựng cơ bản, sản xuất, chế biến bao gồm: cơ sở sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng đánh bắt thuỷ, hải sản có tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán kết quả sản xuất kinh doanh tập trung có sử dụng sản phẩm ở các khâu sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp; nuôi trồng, đánh bắt thuỷ, hải sản làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (sản phẩm nông, lâm, thuỷ sản chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT).

Bên cạnh đó, cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản. Đối với thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản (XDCB), doanh nghiệp đã kê khai, khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện, khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế.

Như vậy, nếu đơn vị thực tế có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn đầu tư XDCB.

Đối với trường hợp đơn vị không thực hiện như đã cam kết mà bán sản phẩm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì đơn vị phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB mà đơn vị đã khấu trừ, hoàn thuế.