Trước đó, Tổng cục Hải quan nhận được Công văn số 07/2020/APV ngày 7/8/2020 của Công ty TNHH MTV Anh Pháp Việt  về việc hoàn thuế GTGT mặt hàng gỗ có nguồn gốc nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước thứ ba, Tổng cục Hải quan đã có Công văn số 6041/TCHQ-TXNK để giải đáp những vấn đề liên quan. Cụ thể:

Theo Tổng Cục Hải quan, căn cứ khoản 1 Điều 156 Luật số 80/2015/QH13 ngày 22/6/2015 thì văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vi xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó đang có hiệu lực.

Đồng thời, căn cứ khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 ngày 20/11/2012 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế; khoản 1 Điều 29 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ về việc xử lý tiền thuế nộp thừa.

Căn cứ khoản 3 Điều 120 Thông tư số 128/2013/TT-BTC ngày 10/9/2013 của Bộ Tài chính quy định hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hoá nhập khẩu nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan: “Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu có ghi rõ kết quả kiểm hoá trong đó có ghi rõ số lượng, chất lượng, chủng loại hàng hoá xuất khẩu và hàng hoá xuất khẩu là theo bộ hồ sơ hàng hoá nhập khẩu nào: nộp 01 bản chính, hồ sơ hải quan của lô hàng xuất khẩu: xuất trình bản chính để đối chiếu (áp dụng đối với trường hợp nơi làm thủ tục xuất khẩu hàng hoá khác nơi làm thủ tục nhập khẩu hàng hóa); các giấy tờ khác chứng minh hàng thực xuất theo hướng dẫn tại Điều 30 Thông tư này: nộp 01 bản chụp”

Đối chiếu với quy định nêu trên và thực tế hồ sơ kèm theo, tại hồ sơ xuất khẩu không xác nhận tại tờ khai xuất khẩu của đơn vị hải quan. Đồng thời, văn bản số 314/HQV-TH ngày 07/07/2020 của Chi cục Hải quan Vinh xác nhận thông tin về hồ sơ hàng hóa nhập khẩu của lô hàng xuất khẩu cách đây 6 năm không đủ căn cứ pháp lý để khẳng định hàng hóa xuất khẩu là hàng hóa đã nhập khẩu. Do vậy, không đủ căn cứ pháp lý để xử lý hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định.