Gửi kiến trị tới Bộ Tài chính, cử tri tỉnh Đồng Tháp đề nghị xem xét, giải quyết vướng mắc, khó khăn trong việc hoàn số thuế giá trị gia tăng đầu vào do mua lại tài sản của doanh nghiệp khác để tiếp tục kinh doanh và số thuế giá trị gia tăng của dự án cải tạo, sửa chữa nhà xưởng, thiết bị để tiếp tục chế biến, kinh doanh cho doanh nghiệp.

Phản hồi về vấn đề này, Bộ Tài chính cho biết, tại khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 sửa đổi, bổ sung khoản 1 và khoản 2 Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 (đã được sửa đổi, bổ sung một số điều tại Luật số 31/2012/QH13) đã quy định cụ thể về hoàn thuế đối với dự án đầu tư.

Theo đó, trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Ngoài ra, khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP của Chính phủ sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 100/2016/NĐ-CP) cũng quy định rõ về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư. 

Cụ thể, cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau: Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ (bao gồm cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư) có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư) theo quy định của Luật Đầu tư tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính (trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này và dự án đầu tư xây dựng nhà để bán, dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Ngoài ra, Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 2 Thông tư số 13/2023/TT-BTC ngày 28/02/2023 của Bộ Tài chính) cũng đã hướng dẫn cụ thể về hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng trường hợp hoàn thuế dự án đầu tư.

Bộ Tài chính khẳng định, pháp luật thuế giá trị gia tăng hiện hành đã quy định cụ thể về chính sách thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư, pháp luật quản lý thuế quy định cụ thể thủ tục, hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng. Do vậy, Bộ Tài chính đề nghị doanh nghiệp liên hệ với Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp để thực hiện theo đúng quy định của pháp luật thuế giá trị gia tăng và pháp luật quản lý thuế.

Bộ Tài chính cũng yêu cầu Tổng cục Thuế chỉ đạo Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp thực hiện kịp thời, đúng quy định pháp luật.