Điều 17 Luật Hải quan hiện hành quy định địa điểm làm thủ tục hải quan là trụ sở Chi cục Hải quan cửa khẩu, trụ sở Chi cục Hải quan ngoài cửa khẩu. Tuy nhiên, hiện nay khi cơ quan Hải quan triển khai thực hiện thủ tục hải quan điện tử, việc tiếp nhận và xử lý tờ khai có thể tiến hành theo cơ chế một cửa quốc gia, theo mô hình xử lý tập trung tại cấp Cục, Tổng cục, do đó không nhất thiết phải thực hiện ở Chi cục.

Bên cạnh đó, Luật Hải quan hiện hành chưa quy định việc cơ quan Hải quan tiến hành hoạt động kiểm tra tại địa điểm kiểm tra ở nước ngoài. Theo quy định Hiệp định GMS, các nước có chung biên giới cùng tiến hành kiểm tra tại địa điểm kiểm tra chung ở nước nhập khẩu (NK). Trên thực tế, hàng ngày cán bộ Hải quan Việt Nam và cán bộ Hải quan Lào đã sang lãnh thổ của nhau để thực hiện kiểm tra chung (việc này được triển khai thực hiện từ năm 2006).

Ngoài ra, Luật Hải quan hiện hành chưa có quy định trách nhiệm của các cơ quan liên quan trong việc bố trí địa điểm làm thủ tục hải quan, khu vực xếp hàng hoá, khu vực kiểm tra thực tế hàng hóa khi quy hoạch, xây dựng cảng, cửa khẩu… Vì thế nhiều cảng, cửa khẩu, khu phi thuế quan khi được thành lập không có mặt bằng để bố trí địa điểm làm thủ tục hải quan, hàng hoá được xếp đặt không khoa học, không phân biệt khu vực chứa hàng hoá xuất nhập khẩu với khu vực chứa hàng hoá nội địa nên khó khăn cho công tác giám sát hải quan.

Vì vậy, Điều 22 Luật Hải quan có hiệu lực từ 1/1/2015 quy định về địa điểm làm thủ tục hải quan theo hướng quy định rõ địa điểm theo từng bước, từng khâu của thủ tục hải quan. Cụ thể: địa điểm tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ hải quan là trụ sở Cục Hải quan, trụ sở Chi cục Hải quan trong đó quy định địa điểm kiểm tra thực tế hàng hóa là: Địa điểm kiểm tra tập trung; Địa điểm kiểm tra tại cơ sở sản xuất, công trình, nơi tổ chức hội chợ, triển lãm; Địa điểm kiểm tra tại khu vực kho ngoại quan, kho bảo thuế, địa điểm thu gom hàng lẻ; Địa điểm kiểm tra chung giữa Hải quan Việt Nam với Hải quan nước láng giềng tại khu vực cửa khẩu đường bộ.

Đồng thời quy định: “Cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền khi quy hoạch, thiết kế xây dựng cửa khẩu đường bộ, ga đường sắt liên vận quốc tế, cảng hàng không dân dụng quốc tế; cảng biển, cảng thủy nội địa có hoạt động xuất nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh; cảng xuất khẩu (XK), NK hàng hóa được thành lập trong nội địa; khu kinh tế, khu công nghiệp, khu phi thuế quan và các địa điểm khác có hoạt động XK, NK, xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh có trách nhiệm bố trí địa điểm làm thủ tục hải quan và nơi lưu giữ hàng hóa XK, NK đáp ứng yêu cầu kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định của Luật này”.

Để triển khai quy định này, tại Điều 5 dự thảo Nghị định quy định chi tiết một số điều của Luật Hải quan về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan đã hướng dẫn Luật Hải quan đã quy định về địa điểm làm thủ tục hải quan. Trong đó quy định: “Việc thành lập các địa điểm làm thủ tục hải quan do Bộ trưởng Bộ Tài chính Quyết định.

“Thành lập địa điểm làm thủ tục tại cảng nội địa (ICD): Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải quy hoạch và công bố cảng nội địa; Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định cụ thể điều kiện và quyết định thành lập địa điểm làm thủ tục hải quan tại cảng nội địa”.

Theo đó, căn cứ tình hình XNK trong từng thời kỳ, Bộ Tài chính sẽ thống nhất với Bộ Công Thương trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt để ban hành Danh mục hàng hóa phải làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu.

Có thể thấy, quy định này tạo điều kiện thuận lợi cho DN có trụ sở, dự án, nhà máy đóng trên địa bàn có hải quan nhưng không có cửa khẩu. Điều này sẽ giúp giảm áp lực công việc tại hải quan các cửa khâu lớn, đồng thời giúp nâng cao hiệu quả công tác quản lý tuân thủ đối với người khai hải quan do cơ quan Hải quan trên địa bàn có thuận lợi về địa lý, có điều kiện tiếp cận, phổ biến văn bản cho DN, cũng như có điều kiện trao đổi thông tin và phối hợp với các cơ quan chuyên môn của địa phương trong nắm tình hình về XNK, kinh doanh và cũng giúp cho việc kiểm tra sau thông quan được thuận lợi.

Tuy nhiên, hiện nay có một thực tế, tại Khoản 3 Điều 18 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP của Chính phủ quy định cụ thể các mặt hàng NK được phép chuyển cửa khẩu, chủ yếu là thiết bị, máy móc, nguyên liệu, vật tư, linh kiện… phục vụ mục đích sản xuất, hàng tiêu dùng NK để kinh doanh trực tiếp, bán tiêu thụ tại thị trường nội địa thì không được phép chuyển cửa khẩu.

Việc hạn chế mặt hàng NK được phép chuyển cửa khẩu tại Nghị định số 154/2005/NĐ-CP là do đặc thù các DN chủ yếu là vừa và nhỏ, một số DN tính tuân thủ pháp luật thấp trong khi công tác quản lý của cơ quan Hải quan còn hạn chế, thiếu sự phối hợp giữa 2 đầu (cửa khẩu nhập và địa điểm nội địa) đồng thời là biện pháp kiềm chế nhập siêu trong giai đoạn Việt Nam bị thâm hụt cán cân thương mại quốc tế.

Quá trình thực hiện Điều 18 Nghị định số 154/2005/NĐ-CP từ năm 2005 đến nay cho thấy xu hướng hạn chế mặt hàng NK chuyển cửa khẩu không còn phù hợp với thực tiễn, bởi  nhiều nguyên nhân, trong đó có yếu tố phải tạo điều kiện thuận lợi cho thương mại hợp pháp hoạt động, phải giảm chi phí cho DN do thủ tục hải quan gây ra, tăng sức cạnh tranh đối với hàng hoá. Không còn là vấn đề đơn vị Hải quan nào làm thủ tục thông quan cho hàng hoá mà vấn đề chính là việc quản lý, kiểm soát, giám sát các lô hàng này như thế nào để không bị lợi dụng buôn lậu, gian lận thương mại.

Vì vậy, để phù hợp với tinh thần quy định tại Luật Hải quan là không hạn chế mặt hàng được làm thủ tục hải quan tại các đơn vị hải quan ngoài cửa khẩu, tại dự thảo Nghị định, Bộ Tài chính đã bỏ quy định các mặt hàng NK được phép chuyển cửa khẩu mà cho phép được chuyển cửa khẩu tất cả các mặt hàng. Tuy nhiên, để áp dụng linh hoạt phù hợp với từng thời kỳ, tại điều 5 dự thảo Nghị định Bộ Tài chính đề xuất quy định theo hướng: căn cứ tình hình XK, NK trong từng thời kỳ, Thủ tướng Chính phủ quyết định danh mục hàng hóa thuộc đối tượng rủi ro phải làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu.

Nội dung quy định này mang tính chất linh hoạt, trong trường hợp cần thiết, để ngăn chặn gian lận thương mại, trốn thuế, Bộ Tài chính sẽ trình Thủ tướng Chính phủ danh mục các mặt hàng NK phải làm thủ tục ngay tại cửa khẩu nhập mà không được áp dụng thủ tục chuyển cửa khẩu.