Thông tư này hướng dẫn quản lý kinh phí sự nghiệp bảo vệ môi trường thực hiện các nhiệm vụ bảo vệ môi trường (bao gồm các dự án, đề án, chương trình bảo vệ môi trường nếu có) do ngân sách nhà nước bảo đảm.

Thông tư nêu rõ một số hoạt động, dự án về môi trường được chi từ ngân sách Trung ương gồm:

Một là, chi xây dựng, điều chỉnh chiến lược, kế hoạch, quy trình kỹ thuật, hướng dẫn kỹ thuật, định mức kinh tế kỹ thuật, quy chuẩn kỹ thuật môi trường, chương trình, đề án về bảo vệ môi trường thuộc nhiệm vụ của Trung ương.

Hai là, hỗ trợ công tác kiểm soát ô nhiễm môi trường quốc gia, liên tỉnh, lưu vực sông liên tỉnh (bao gồm kiểm soát các nguồn gây ô nhiễm môi trường, tác động xấu đến môi trường).

Bốn là, đánh giá các khu vực bị ô nhiễm môi trường liên tỉnh, thuộc nhiệm vụ của trung ương theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường; phòng ngừa, ứng phó khắc phục sự cố môi trường phạm vi vùng, toàn quốc.

Năm là, chi hỗ trợ công tác quản lý chất thải, đánh giá các nguồn thải gây ô nhiễm môi trường quy mô liên tỉnh, đánh giá sức chịu tải của môi trường, thuộc nhiệm vụ của trung ương theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường...