Tổng cục Hải quan cho biết, “Hàng hoá chuyển khẩu, quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam; hàng tạm nhập khẩu, tái xuất khẩu; hàng tạm xuất khẩu, tái nhập khẩu; nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu ký kết với bên nước ngoài; hàng hoá, dịch vụ được mua bán giữa nước ngoài với các khu phi thuế quan và giữa các khu phi thuế quan với nhau” thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo khoản 20 Điều 5 Luật thuế GTGT năm 2008 quy định.

Bên cạnh đó, tại điểm c khoản 2 Điều 131 Thông tư 194/2010/TT-BTC hướng dẫn xử lý số tiền thuế nộp thừa, tiền phạt sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền phạt nộp thừa do có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền phạt phải nộp thì: “Trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu cho cơ quan Hải quan trong kỳ kế toán (bao gồm trong tháng, quý, năm ngân sách) mà người nộp thuế hoặc cơ quan Hải quan phát hiện thì thực hiện điều chỉnh theo mẫu C1-07 ban hành kèm theo Thông tư số 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lý các khoản thu ngân sách Nhà nước qua kho bạc Nhà nước, đồng thời người nộp thuế nộp bản chính giấy nộp tiền, cơ quan Hải quan xác nhận, ký tên, đóng dấu đơn vị lên mặt trước bản chính của giấy nộp tiền vào ngân sách Nhà nước số tiền thuế giá trị gia tăng đã điều chỉnh sang khoản thuế khác chuyển kho bạc Nhà nước điều chỉnh.

Các trường hợp thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa khác cơ quan Hải quan xác nhận số tiền thuế nộp nhầm, nộp thừa để cơ quan thuế thực hiện hoàn trả người nộp thuế theo quy định.”

Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan An Giang, Cục Hải quan Gia Lai - Kon Tum và Công ty TNHH Thương mại Đỗ Khoa đối chiếu quy định nêu trên để thực hiện.