Bên cạnh việc hỗ trợ các chức năng đã cung cấp trên hệ thống Thuế điện tử qua nền tảng Web, dịch vụ điện tử trên nền tảng thiết bị di động (eTax-Mobile) đã cung cấp các dịch vụ nâng cao mang tính trải nghiệm cho người dùng, giúp người nộp thuế dễ dàng truy cập, sử dụng mọi lúc mọi nơi. Hiện nay, Tổng cục Thuế đã nâng cấp ứng dụng eTax Mobile đáp ứng việc đăng ký tài khoản bằng hình thức xác thực thông tin tài khoản ngân hàng.