Căn cứ vào tài liệu điều tra, Cơ quan điều tra đã tiến hành khởi tố bị can đối với 6 đối tượng gồm: Nguyễn Thị Đào (SN 1982, trú Tả Thanh Oai, Thanh Trì, Hà Nội), Nguyễn Thị Đào (sinh năm 1985, trú phường Thanh Lương, Hai Bà Trưng, Hà Nội), Bùi Văn Hồ (sinh năm 1991, quê huyện Nghĩa Hưng, Nam Định), Nguyễn Văn Thuấn (sinh năm 1995, quê Thuận Thành, Bắc Ninh), Bùi Ngọc Trực (sinh năm 1997, quê ở huyện Nghĩa Hưng, Nam Định), Lê Hiền Trang (sinh năm 1988, trú Đống Đa, Hà Nội).

Công an TP Hà Nội cũng thực hiện lệnh tạm giữ với 5 đối tượng nêu trên và cho Lê Hiền Trang được tại ngoại.

Căn cứ kết quả điều tra, cơ quan điều tra tiến hành khám xét khẩn cấp tại 4 địa điểm liên quan, thu giữ nhiều con dấu, hóa đơn, đồ vật, tài liệu liên quan đến hoạt động tổ chức bán trái phép hóa đơn của số cá nhân trên.

Cơ quan công an thu giữ 2 dấu tròn pháp nhân đứng tên 15 công ty (có 6 dấu trùng nhau), 76 quyển hóa đơn có viết nội dung, 92 quyển hóa đơn chưa ghi nội dung, nhiều tiền mặt, máy tính xách tay, sổ ghi chép cá nhân, séc khống, giấy trắng đóng dấu khống, tài liệu liên quan đến việc chuyển nhượng doanh nghiệp của 46 công ty có dấu hiệu được sử dụng nhằm mua bán hóa đơn trái phép.

Phương thức hoạt động của các đối tượng là từ năm 2017, Nguyễn Thị Đào (SN 1982) thỏa thuận để mua lại từ Nguyễn Thị Đào (SN 1985) 17 doanh nghiệp đã thành lập nhưng hoạt động không hiệu quả để sử dụng vào việc bán trái phép hóa đơn giá trị gia tăng nhằm thu lời bất chính.

Theo đó, Nguyễn Thị Đào (SN 1985) chịu trách nhiệm hoàn tất thủ tục mua lại các công ty rồi bàn giao toàn bộ hồ sơ đăng ký kinh doanh, con dấu, hóa đơn để Nguyễn Thị Đào (SN 1982) sử dụng bán hóa đơn thu lời bất chính với giá 50 triệu đồng/công ty.

Sau khi mua lại 17 công ty nêu trên, Nguyễn Thị Đào (SN 1982) thuê nhà tại phường Định Công (Hoàng Mai, Hà Nội) làm nơi viết hóa đơn, cất giữ con dấu, hóa đơn và tài liệu liên quan phục vụ việc mua bán hóa đơn trong suốt thời gian qua.

Khi các doanh nghiệp có nhu cầu mua hóa đơn đầu vào, sẽ liên hệ với Nguyễn Thị Đào (SN 1982). Sau khi nhận yêu cầu mua hóa đơn từ khách, Nguyễn Thị Đào (SN 1982) sẽ phân công nhiệm vụ cho các bị can để thực hiện viết hóa đơn, giao hàng cho khách.

Đào khai nhận, với hóa đơn giá trị thanh toán dưới 20 triệu đồng sẽ được bán với giá 200.000 đồng/ tờ. Hóa đơn ghi giá trị thanh toán từ 20 triệu đồng được bán với giá 0,5% tiền hàng trước thuế ghi trên hóa đơn. Các đối tượng tham gia giúp sức được thỏa thuận trả công 6 triệu đồng/ tháng. Riêng với Lê Hiền Trang được trả 300.000 đồng/ 1 lần giao dịch tại ngân hàng và 50.000 đồng/ lần giao hóa đơn cho khách.

Để tránh sự nhòm ngó từ cơ quan chức năng, hàng tháng, các công ty đối tượng sử dụng bán hóa đơn phải làm và nộp đầy đủ báo cáo thuế thể hiện công ty đó có kinh doanh thu đầu vào, đầu ra như doanh nghiệp kinh doanh thật.

Để thực hiện việc này, ngay từ khi mua 17 công ty, Nguyễn Thị Đào (SN 1982) đã phối hợp với Nguyễn Thị Đào (SN 1985) phân công rõ việc mỗi người phải chịu trách nhiệm làm báo cáo thuế với chi phí được hưởng là 2 triệu đồng/ 1 công ty.

Khi một trong số các công ty có dấu hiệu bị phát hiện thì các đối tượng sẽ ngừng xuất bán hóa đơn cho công ty đó.

Với thủ đoạn trên, quá trình điều tra, cơ quan điều tra bước đầu xác định nhóm đối tượng xuất khống qua 17 công ty 3.500 hóa đơn với doanh số trước thuế 590 tỷ đồng.