“Nếu thực hiện thủ tục hải quan theo cách cũ, bình thường doanh nghiệp chúng tôi phải mất ít nhất hai ngày để lo các thủ tục, giấy tờ cũng như di chuyển từ Sóc Trăng lên Cần Thơ. Nhưng nếu thực hiện thủ tục hải quan điện tử thì chúng tôi tiết kiệm được rất nhiều thời gian, chi phí và hưởng nhiều lợi ích so với thủ tục hải quan truyền thống. Doanh nghiệp chúng tôi đón nhận điều này như một tín hiệu vui, thể hiện sự chia sẻ của cơ quan chức năng với doanh nghiệp, hướng tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp trong hoạt động xuất nhập khẩu…” - Đây không chỉ nhận định riêng của ông Bùi Đăng Khoa, Trưởng phòng Xuất nhập khẩu Công ty TNHH Chế biến hải sản xuất khẩu Khánh Hoàng (Sóc Trăng) khi nói về vai trò của việc thông quan điện tử mà là đánh giá chung của hầu hết các doanh nghiệp khi thực hiện thủ tục hải quan điện tử.

Có thể nói, hơn ai hết, các doanh nghiệp và ngành hải quan đều thấu hiểu hết được những tiện ích của việc thực hiện thủ tục Hải quan điện tử mang lại trong hoạt động sản xuất kinh doanh và nghiệp vụ của mình. Nó là xu hướng phát triển tất yếu trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế ngày nay.

Lợi ích đối với doanh nghiệp:

Một là, thực hiện thủ tục hải quan điện tử sẽ giúp giảm chi phí và tiết kiệm thời gian và nhân lực cho doanh nghiệp do doanh nghiệp chỉ cần khai thông tin tờ khai điện tử và gửi đến cơ quan hải quan, không phải đến cơ quan hải quan cửa khẩu để làm thủ tục đăng ký tờ khai hải quan (khai báo hải quan). Nếu hàng hoá thuộc luồng xanh (hàng hoá miễn kiểm tra thực tế) thì doanh nghiệp chỉ cần hoàn thành thủ tục qua mạng và thông quan hàng hoá xuất nhập khẩu. Đối với hàng hoá thuộc luồng vàng và đỏ thì thủ tục cũng không quá phức tạp. Việc này giúp doanh nghiệp tiết kiệm chi phí và thời gian đi lại làm thủ tục, thông qua đó tăng cường khả năng cạnh tranh của doanh nghiệp.

Hai là, các quy định, chính sách liên quan được công bố trên webiste Hải quan. Việc này giúp cho doanh nghiệp chủ động trong các hoạt động xuất nhập khẩu của mình, trong đó làm thủ tục hải quan.

Ba là, đối với những doanh nghiệp là thương nhân ưu tiên đặc biệt còn được hưởng những lợi ích như được sử dụng tờ khai hải quan tạm để giải phóng hàng; được hoàn thành thủ tục thông quan trên cơ sở sử dụng tờ khai điện tử một lần/01 tháng cho tất cả hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thường xuyên với cùng một đối tác, cùng một loại hình xuất khẩu, nhập khẩu, đã được giải phóng hàng theo các tờ khai tạm; được kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế hàng hoá tại trụ sở của thương nhân ưu tiên đặc biệt hoặc tại địa điểm  khác do  thương nhân ưu tiên đặc biệt đăng ký, được cơ quan hải quan chấp nhận; được thực hiện thủ tục hải quan điện tử trong thời gian 24 giờ trong ngày và 7 ngày trong tuần. 

Lợi ích đối với Hải quan:

Một là, quy trình thủ tục hải quan điện tử đơn giản, hài hòa, thống nhất và phù hợp với chuẩn mực quốc tế. Đây là yếu tố rất quan trọng góp phần giảm thời gian thông quan, chi phí và thủ tục hành chính, giấy tờ cho doanh nghiệp, đồng thời tăng sức cạnh tranh và tạo lập môi trường đầu tư thông thoáng, thống nhất và hấp dẫn cho doanh nghiệp.

Hai là, thủ tục hải quan điện tử giúp nâng cao chất lượng cán bộ hải quan với trình độ chuyên môn, nghiệp vụ cao và tinh thần phục vụ doanh nghiệp văn minh, lịch sự, có kỷ cương, kỷ luật và trung thực,… Việc này sẽ làm giảm phiền hà, sách nhiễu đối với doanh nghiệp.

Ba là, nhờ thực hiện thủ tục hải quan hiện đại, trong thời gian tới, doanh nghiệp Việt Nam sẽ dễ dàng tiếp cận và thuận lợi hơn trong việc thực hiện thông lệ, chuẩn mực quốc tế. Đây là một yếu tố rất quan trọng khi doanh nghiệp có quan hệ hợp tác làm ăn với nước ngoài và mở rộng thị trường quốc tế. Điều này đặc biệt cần thiết trong bối cảnh kinh tế trong nước và quốc tế có nhiều khó khăn như hiện nay.

Chính vì những tiện ích và hiệu quả to lớn mang lại từ việc cải cách hiện đại hóa trên mà trong những năm qua ngành Hải quan đã không ngừng đổi mới, tiếp tục đẩy mạnh mở rộng khai thực hiện thông quan điện tử. Tiếp theo giai đoạn thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử tại một số địa phương từ năm 2005, hiện nay Tổng cục Hải quan đang tiếp tục mở rộng thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử trên quy mô rộng hơn, đối tượng doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan điện tử cũng không còn hạn chế mà được mở rộng cho mọi doanh nghiệp có nhu cầu tham gia thủ tục hải quan điện tử.

Bên cạnh việc tiếp tục thực hiện thủ tục hải quan điện tử tại hai cục Hải quan TP.Hải Phòng và TP.HCM, thủ tục hải quan điện tử được thực hiện tại các cục Hải quan tỉnh, thành phố khác, gồm: Hà Nội, Đà Nẵng, Đồng Nai, Bình Dương, Lạng Sơn, Quảng Ninh, Bà Rịa-Vũng Tàu, Quảng Ngãi. Mới đây, Tổng cục Hải quan đồng ý thực hiện thủ tục hải quan điện tử tại Cục Hải quan TP.Cần Thơ và Lào Cai sẽ chính thức thực hiện vào tháng 8/2010.