Trong đó, Chi cục  Kiểm tra sau thông quan thực hiện 44 cuộc kiểm tra tại trụ sở cơ quan Hải quan, tăng 17 vụ; Kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp 274 vụ, tăng gần 60 vụ so với năm 2015. 

Kết quả kiểm tra sau thông quan, Chi cục đã ban hành quyết định ấn định thuế, với tổng số thuế ấn định phải thu trên 939 tỷ đồng, tăng trên 400 % so với cùng kỳ, đạt gấp hơn 3 lần chỉ tiêu được giao. 

Ngoài ban hành quyết định ấn định thuế, Chi cục đã lập biên bản vi phạm và ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với 150 trường hợp, với số tiền xử phạt trên 10 tỷ đồng, giảm 14% (năm 2015 là 11,7 tỷ đồng).  

Số thuế tăng còn lại do Phòng Thuế XNK và các chi cục hải cửa khẩu quan thực hiện. Trong đó, Phòng Thuế XNK tăng thu 95,3 tỷ đồng; các chi cục thực hiện gần 350 tỷ đồng.

Đến 29-12-2016, các doanh nghiệp bị kiểm tra sau thông quan đã nộp vào NSNN trên 640 tỷ đồng, tăng 27,8% so với năm 2015. 

Theo Cục Hải quan TP.HCM, số thu từ hoạt động kiểm tra sau thông quan năm 2016 đạt cao, do công tác kiểm tra sau thông quan thay đổi phương thức quản lý, tập trung kiểm tra chặt chẽ các lĩnh vực giá tính thuế, mã số hàng hóa, xuất xứ. 

Đặc biệt, đơn vị phối hợp với Cục Thuế địa phương tập trung kiểm tra các lĩnh vực hoàn thuế GTGT, quyết toán hợp đồng gia công, sản xuất xuất khẩu, tình hình sử dụng máy móc thiết bị phục vụ gia công, sản xuất xuất khẩu; kiểm tra chặt chẽ giá tính thuế ôtô nhập khẩu, phối hợp cơ quan thuế xác minh việc xuất hóa đơn GTGT thấp hơn trị giá bán thực tế cho người tiêu dùng…nên đã phát hiện và truy thu hàng trăm tỷ đồng tiền thuế liên quan đến ô tô nhập khẩu. 

Điển hình, sau gần 2 tháng thực hiện kiểm tra sau thông quan tại trụ sở Công ty CP Tập đoàn T.T.Đ, Chi cục Kiểm tra sau thông quan- Cục Hải quan TP.HCM đã ban hành Quyết định ấn định thuế truy thu gần 720 tỷ đồng tiền thuế đối với nhiều dòng xe ô tô nhập khẩu của công ty này.

Theo Chi cục Kiểm tra sau thông quan, Chi cục đã tập trung kiểm tra trị giá khai báo hải quan đối với các dòng xe nhập khẩu của DN này trong thời gian 5 năm gần đây (từ 31-5-2011  đến 31-5-2016).

Kết quả kiểm tra cho thấy, trong thời gian trên, Công ty CP tập đoàn T.T.Đ mở 372 tờ khai hải quan nhập khẩu xe ôtô. Trong đó, có 318 tờ khai gồm 976 xe đã được tham vấn trị giá tính thuế trong thông quan, kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan Hải quan trong thời gian 60 ngày. 

Trong đó có 338 xe bị bác bỏ trị giá khai báo - điều chỉnh tăng thuế, và 559 xe chấp nhận trị giá theo khai báo; 54 tờ khai gồm 156 xe chưa được tham vấn trị giá tính thuế trong thông quan hoặc kiểm tra sau thông quan. Khi tham vấn, kiểm tra sau thông quan tại trụ sở hải quan trước đây chưa phát hiện mối quan hệ đặc biệt giữa người bán và người mua có ảnh hưởng đến trị giá giao dịch… nên đã thực hiện truy thu thuế. 

Cũng liên quan đến mặt hàng ô tô, qua công tác kiểm tra sau thông quan, Cục Hải quan TP.HCM truy thu trên 100 tỷ đồng tiền thuế từ một doanh nghiệp chuyên nhập khẩu dòng xe sang. 

Ngoài ra, nhiều vụ truy thu thuế lớn từ công tác kiểm tra sau thông quan cũng được các chi cục hải quan cửa khẩu thực hiện. Cuối năm 2016, thực hiện chỉ đạo của Tổng cục Hải quan và Cục Hải quan TP.HCM về việc kiểm tra mặt hàng vải dệt thoi, vải không dệt nhập khẩu, Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 1 đã thực hiện rà soát các tờ khai hải quan nhập khẩu mặt hàng này.

Qua kiểm tra, phát hiện Công ty TNHH MTV M.Đ.L.A (Long An) mở 31 tờ khai hải quan nhập khẩu mặt hàng vải. Theo thông tin trên tờ khai hải quan, doanh nghiệp khai báo mặt hàng nhập khẩu là vải không dệt từ sợi filament nhân tạo, dùng để lót túi xách, va ly, thuế suất thuế nhập khẩu 0%. 

Kết quả phân tích của Trung tâm phân tích phân loại hàng hóa XNK- Chi nhánh TP.HCM cho thấy, hàng thực nhập là vải không dệt tự xơ staple polyester, bề mặt không tráng phủ, thuế suất thuế nhập khẩu 12%.  

Trị giá hàng hóa nhập khẩu tại 31 tờ khai hải quan trên 47 tỷ đồng, thiếu số thuế phải nộp 6,3 tỷ đồng. Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 1 đã ban hành quyết định ấn định thuế, truy thu toàn bộ số thuế này…/.