Căn cứ quy định tại Khoản 1, Khoản 4 Điều 18 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012, công văn số 14320/BTC-TCT ngày 19/10/2012 của Bộ Tài chính:

Trường hợp doanh nghiệp trong tháng vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước thì doanh nghiệp chỉ được xem xét hoàn thuế theo tháng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên.   

Không có quy định về việc hoàn thuế theo tháng đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh trong nước kể cả trường hợp có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ trên 200 triệu đồng.

Tại công văn số 14320/BTC-TCT đã hướng dẫn công thức xác định số thuế GTGT được hoàn theo tháng của hàng hóa xuất khẩu. Đề nghị Cục thuế thực hiện theo hướng dẫn này.

Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ bán trong nước không được hoàn theo tháng được chuyển kỳ sau khấu trừ tiếp và nếu trong 3 tháng liên tục doanh nghiệp có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì được hoàn thuế GTGT, số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết bao gồm cả thuế GTGT của hàng xuất khẩu chưa đuợc hoàn theo tháng và thuế GTGT đầu vào của hàng bán trong nước.

Theo đó, trường hợp doanh nghiệp thuộc đối tượng được hoàn thuế trong 3 tháng liên tục thì trong Giấy đề nghị hoàn thuế không phải tách riêng phần thuế đầu vào của hàng xuất khẩu, phần thuế đầu vào của hàng bán trong nước.