Theo đó, công văn của Bộ Tài chính cho biết: Căn cứ quy định tại điểm c.8 khoản 5 Điều 113, Điều 127 Thông tư số 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/2010 của Bộ Tài chính; Trên cơ sở báo cáo của Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai tại công văn số 1044/HQĐNa-TXNK về việc hoàn thuế loại hình xuất nhập khẩu tại chỗ, Công ty cổ phần Đường Biên Hòa nhập khẩu nguyên liệu đường thô từ nước ngoài vào Việt Nam theo loại hình nhà sản xuất xuất khẩu để sản xuất đường tinh luyện sau đó xuất khẩu đường tinh luyện cho đối tác nước ngoài và được chỉ định giao hàng cho Công ty Cổ phần sữa Việt Nam, Công ty Cổ phần Bánh kẹo Hải Hà, Công ty cổ phần Cà phê Biên Hòa (theo loại hình xuất nhập khẩu tại chỗ). Các Công ty này sử dụng đường tinh luyện để sản xuất các sản phẩm thực phẩm tiêu thụ trong nước và đã nộp đủ thuế nhập khẩu, thuế GTGT khi nhập khẩu tại chỗ đường tinh luyện.

Do vậy, Bộ Tài chính giao Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai kiểm tra lại hồ sơ việc nhập khẩu đường thô, việc sản xuất hàng xuất khẩu của Công ty Cổ phần đường Biên Hòa, kiểm tra việc xuất nhập khẩu tại chỗ đường tinh luyện cho các doanh nghiệp trong nước và việc nộp thuế nhập khẩu cho đường tinh luyện khi xuất nhập khẩu tại chỗ.

Nếu sự việc đúng như Cục Hải quan tỉnh Đồng Nai trình bày, Công ty Cổ phần đường Biên Hòa có nhập khẩu đường thô và sản xuất thành đường tinh luyện và có hợp đồng xuất khẩu với nước ngoài nhưng được chỉ định giao hàng tại Việt Nam, các doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ đã nộp thuế nhập khẩu sản phẩm đường tinh luyện, thì thực hiện hoàn lại thuế nhập khẩu nguyên liệu cho Công ty Cổ phần đường Biên Hòa (nếu Công ty Cổ phần đường Biên Hòa đã nộp thuế) hoặc thanh khoản không thu thuế (nếu Công ty Cổ phần đường Biên Hòa chưa nộp thuế nhập khẩu nguyên liệu, do đang trong thời gian 275 ngày), tương ứng với nguyên liệu nhập khẩu cấu thành trong sản phẩm đường tinh luyện đã thực xuất khẩu tại chỗ và đã được nộp đủ thuế nhập khẩu khi xuất khẩu tại chỗ.