Trước đó, Bộ Tài chính đã nhận được văn bản của Hiệp hội Cà phê ca cao Việt Nam, Hiệp hội Chế biến và xuất khẩu thủy sản Việt Nam, một số DN kinh doanh nông, lâm, thủy, hải sản và Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương phản ánh các vướng mắc khi triển khai Công văn số 7527/BTC-TCT ngày 12/6/2013 và Công văn 9345/BTC-TCT ngày 19/7/2013 của Bộ Tài chính.

Phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT theo quy định tại Luật Quản lý Thuế

Về hoàn thuế GTGT, cụ thể là đối với việc phân loại hồ sơ hoàn thuế, Cục Thuế thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT theo quy định tại Luật Quản lý Thuế, Luật Thuế GTGT để tổ chức hoàn thuế đối với các DN:

Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau thực hiện đúng và đầy đủ theo quy định tại mục b Khoản 1 Điều 60 của Luật Quản lý thuế. Đối với trường hợp: “Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan quản lý thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế; hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng;”, Cục Thuế thực hiện đưa những chứng từ, hóa đơn mà Cơ quan Thuế yêu cầu giải trình nhưng người nộp thuế có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế khai là đúng vào diện kiểm tra, xác minh trước khi hoàn; Đối với số thuế người nộp thuế đề nghị hoàn không liên quan đến những chứng từ, hóa đơn trên, Cục Thuế thực hiện hoàn kịp thời cho người nộp thuế.

Việc kiểm tra, xác minh những chứng từ này được thực hiện trong phạm vi tối đa 40 ngày và kiểm tra, xác minh đối với người bán hàng trực tiếp cho người nộp thuế để làm căn cứ xử lý hoàn thuế.

Trường hợp việc xác minh, kiểm tra có dấu hiệu vi phạm của các đối tượng mua bán hàng hóa ở các khâu trước đó, thực hiện thông báo và bàn giao cho cơ quan Thuế quản lý DN có liên quan để kiểm tra, xử lý theo đúng qui định pháp luật đối với người nộp thuế vi phạm; không để ảnh hưởng đến người được hoàn thuế khi đã có điều kiện hoàn theo quy định.

Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau theo quy định tại mục a Khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý Thuế: “là hồ sơ của người nộp thuế có quá trình chấp hành tốt pháp luật về thuế và các giao dịch được thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật;”. Đối tượng này được qui định tại Điều 30 Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007; khoản 21 Điều 1 Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010; Điều 41 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013.

Đối với lĩnh vực kinh doanh xuất nhập khẩu nông, lâm, thủy, hải sản đề nghị các Cục Thuế chú ý những đối tượng sau:

Thứ nhất, hồ sơ hoàn thuế GTGT của DN thuộc danh sách “DN xuất khẩu uy tín” năm 2012- 2013 do Bộ Công Thương công bố tại Quyết định 2390/QĐ-BCT ngày 15/4/2013 và Quyết định số 4169/QĐ-BCT ngày 24/6/2013 cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau theo quy định. Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với cả trường hợp DN xuất khẩu mặt hàng không phải mặt hàng được công nhận trong danh sách “DN xuất khẩu uy tín” và trường hợp Chi nhánh DN hạch toán phụ thuộc thực hiện xuất khẩu.

Thứ hai, các DN xuất khẩu nông, lâm, thủy, hải sản đã hoạt động sản xuất, kinh doanh từ 24 tháng tính đến ngày phát sinh hồ sơ hoàn thuế không bị xử phạt về gian lận thuế, trốn thuế gồm tất cả các sắc thuế theo quy định của pháp luật.

Hoàn thuế theo đúng thời hạn quy định tại Luật Quản lý Thuế

Về trách nhiệm của cơ quan thuế khi kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế theo đúng thời hạn quy định tại Luật Quản lý Thuế.

Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau cơ quan thuế thực hiện giải quyết hoàn thuế chậm nhất không quá 06 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế hợp lệ.

Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau cơ quan thuế thực hiện giải quyết hoàn thuế chậm nhất không quá 40 ngày kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế hợp lệ.

Ngoài nội dung kiểm tra hoàn thuế như tính hợp lệ, đầy đủ của hồ sơ; chứng từ, hóa đơn đầu vào; chứng từ thanh toán qua ngân hàng; hóa đơn bán hàng; chứng từ thanh toán của DN bán hàng trực tiếp cho DN xuất khẩu; cần chú ý kiểm tra các nghiệp vụ kinh tế phát sinh khác và chứng từ, sổ sách kế toán liên quan như: Mua, bán; xuất, nhập, tồn kho hàng hóa; chi phí vận chuyển, bốc xếp, chi phí kinh doanh.

Trường hợp đến hạn phải giải quyết hoàn thuế nhưng chưa có đủ kết quả trả lời xác minh của các cơ quan thuế liên quan về kê khai nộp thuế GTGT của các khâu trung gian thì cơ quan thuế hoàn thuế theo quy định cho DN và tổ chức kiểm tra, xác minh sau.

Trong quá trình kiểm tra, xác minh hóa đơn nếu phát hiện DN có dấu hiệu vi phạm pháp luật cơ quan thuế trực tiếp quản lý DN có dấu hiệu vi phạm đó có trách nhiệm thanh tra, kiểm tra để xử lý.

Trường hợp qua kiểm tra, xác minh khi phát hiện DN vi phạm pháp luật thì ra quyết định hoàn thuế đối với số thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện hoàn thuế theo quy định của Pháp luật. Đối với số thuế GTGT đầu vào liên quan đến hành vi vi phạm thì thực hiện xử lý vi phạm đối với DN trực tiếp có hành vi vi phạm pháp luật. Trường hợp nghiêm trọng có dấu hiệu hình sự thực hiện chuyển hồ sơ cho cơ quan công an để tổ chức điều tra, xử lý.

Cục trưởng Cục Thuế chịu trách nhiệm về việc ra quyết định hoàn thuế GTGT. Đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT của người nộp thuế do Chi cục trực tiếp quản lý, Cục trưởng có trách nhiệm chỉ đạo việc xác minh, kiểm tra, thanh tra hồ sơ hoàn thuế, đảm bảo đúng thời gian theo quy định tại Luật Quản lý thuế và chịu trách nhiệm ban hành quyết định hoàn thuế đúng quy định.

Về trách nhiệm của cơ quan thuế trong công tác quản lý thuế đối với các DN kinh doanh, tổ chức mua nông, lâm, thủy, hải sản để bán cho DN sản xuất, chế biến, kinh doanh xuất khẩu:

Kiểm tra, thanh tra thuế đối với DN rủi ro cao về thuế

Các Cục Thuế có trách nhiệm tổ chức kiểm tra, thanh tra thuế đối với toàn bộ DN rủi ro cao về thuế ở các khâu kinh doanh (trung gian):

Trường hợp mới thành lập (nếu không quá 24 tháng) và có doanh thu lớn gấp 5 lần vốn chủ sở hữu hoặc có doanh thu lớn (trên 30 tỷ đồng) nhưng không kê khai đầy đủ thuế GTGT hoặc kê khai khấu trừ thuế GTGT mà tỷ lệ GTGT nộp thấp hơn mức bình quân ngành hàng cùng loại trên địa bàn; hoặc DN không có cơ sở vật chất liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh như kho hàng hóa; phương tiện vận tải; nguồn nhân lực; cửa hàng;...

Trong quá trình thực hiện công tác quản lý thuế, Cục Thuế cần tham mưu cho UBND tỉnh, thành phố và phối hợp chặt chẽ với các cơ quan chức năng tại địa phương thực hiện tốt các biện pháp quản lý từ gốc và đẩy mạnh công tác chống thất thu ngân sách tại khâu lưu thông. Trong đó lưu ý các trường hợp vận chuyển hàng hóa không có hóa đơn, chứng từ để xử lý theo Nghị định số 109/2013/NĐ-CP ngày 24/9/2013 và các quy định của pháp luật có liên quan. Trong quá trình thanh tra, kiểm tra phát hiện dấu hiệu vi phạm hình sự cần phối hợp cơ quan Công an để xử lý kịp thời, đúng pháp luật.

Đối với những hồ sơ đề nghị hoàn thuế của DN còn tồn đọng đến nay chưa được giải quyết, yêu cầu đồng chí Cục trưởng Cục Thuế tổ chức giải quyết đầy đủ, kịp thời theo đúng qui định, cụ thể:

Trường hợp hồ sơ thuộc diện hoàn trước kiểm sau, phải thực hiện hoàn kịp thời; sau đó tổ chức kiểm tra theo qui định, trọng tâm đối với những chứng từ, hóa đơn đầu vào có rủi ro cao;

Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn sau, phải tổ chức kiểm tra trong phạm vi không quá 40 ngày; sau 40 ngày phải thực hiện hoàn cho DN; trường hợp phát hiện những dấu hiệu vi phạm, phát hiện những chứng từ, hóa đơn không đủ điều kiện hoàn của DN trực tiếp bán hàng cho DN có hồ sơ đề nghị hoàn thì chỉ thực hiện chưa hoàn đối với số tiền hoàn liên quan đến những chứng từ, hóa đơn này và thông báo cho DN biết; đồng thời báo cáo Tổng cục Thuế và thông báo cho các Cục Thuế liên quan quản lý thuế  đối với các DN phát hành chứng từ, hóa đơn có dấu hiệu vi phạm để được kiểm tra, xử lý theo đúng quy định, kịp thời.

Trường hợp các hồ sơ qua kiểm tra, xác minh có dấu hiệu vi phạm và đã chuyển cơ quan Công an để tổ chức điều tra, xử lý, trong khi cơ quan Công an chưa có kết quả điều tra, thì chỉ xem xét giải quyết hoàn thuế đối với số thuế GTGT của các hóa đơn đầu vào không có dấu hiệu vi phạm. Cục Thuế báo cáo Tổng cục Thuế có ý kiến đối với những trường hợp chưa hoàn thuế GTGT do hóa đơn đầu vào có dấu hiệu vi phạm, chưa có kết luận của cơ quan điều tra.

Tổng cục Thuế, các Cục Thuế tổ chức xây dựng cơ sở dữ liệu về hóa đơn, dữ liệu kê khai, nộp thuế đối với các DN kinh doanh nông, lâm, thủy, hải sản trên địa bàn quản lý để tạo thuận lợi trong công tác xác minh hóa đơn và tổ chức hoàn thuế GTGT.

Cục Thuế tổ chức xây dựng và công bố công khai trên trang thông tin điện tử của ngành Thuế danh sách những DN có đăng ký, có hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng không kê khai nộp thuế đầy đủ theo quy định; DN vi phạm pháp luật về chế độ hóa đơn, chứng từ; DN thuộc diện ngừng, nghỉ kinh doanh không thông báo cho cơ quan thuế theo quy định; DN có hành vi gian lận thuế, trốn thuế.