Trong Công văn 4067/TCT-DNL gửi Tổng công ty Hạ tầng mạng (VNPT-Net), Tổng cục Thuế cho biết, tại Khoản 2 Điều 12 Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) số 13/2008/QH12 và Khoản 6 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT số 31/2013/QH13 quy định điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào bao gồm: Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu; Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ hàng hóa, dịch vụ mua từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng…

Khoản 2 Điều 15 Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 về xác định trị giá Hải quan đối với hàng xuất khẩu, nhập khẩu nêu các khoản điều chỉnh trừ: Khoản giảm giá thuộc một trong các loại giảm giá sau: Giảm giá theo cấp độ thương mại của giao dịch mua bán hàng hóa; Giảm giá theo số lượng hàng hóa mua bán; Giảm giá theo hình thức và thời gian thanh toán; Khoản giảm giá được lập thành văn bản trước khi xếp hàng lên phương tiện vận tải ở nước xuất khẩu hàng hóa.

Điều 49 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính quy định về xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.

Căn cứ quy định các quy định nêu trên, Tổng cục Thuế hướng dẫn, trường hợp Tổng công ty Hạ tầng mạng nhập khẩu máy móc thiết bị được giảm giá theo hợp đồng, nếu khoản giảm giá thuộc trường hợp được giảm giá theo quy định tại khoản 2 Điều 15 Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính thì Tổng Công ty được điều chỉnh giảm giá tính thuế GTGT khâu nhập khẩu. Đối với số thuế GTGT Tổng công ty đã nộp lớn hơn số thuế phải nộp (do được giảm giá) thì Tổng công ty đề nghị Cơ quan Hải quan giải quyết hoàn trả theo quy định tại Điều 49 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính.

Nếu khoản giảm giá không thuộc các trường hợp được điều chỉnh giảm giá tính thuế GTGT khâu nhập khẩu theo quy định tại khoản 2 Điều 15 Thông tư số 39/2015/TT-BTC nêu trên, Tổng công ty đã thực hiện tính, nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu trên giá trị máy móc thiết bị chưa giảm giá theo đúng quy định về xác định giá hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu hiện hành thì Tổng công ty căn cứ chứng từ thuế GTGT đã nộp khâu nhập khẩu để thực hiện khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT theo quy định.