Căn cứ khoản 19 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật thuế giá trị gia tăng (GTGT) và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT hướng dẫn về đối tượng không chịu thuế GTGT: Hàng nhập khẩu và hàng hoá, dịch vụ bán cho các tổ chức, cá nhân để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại trong các trường hợp sau:

Thủ tục để các tổ chức quốc tế, người nước ngoài mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại cho Việt Nam không chịu thuế GTGT là các tổ chức quốc tế, người nước ngoài phải có văn bản gửi choc ơ sở bán hàng, trong đó ghi rõ tên tổ chức quốc tế, người nước ngoài mua hàng dịch vụ để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại cho Việt Nam, số lượng hoặc giá trị loại hàng mua; xác nhận của Bộ Tài chính hoặc Sở Tài chính về khoản trợ này.

Khi bán hàng, cơ sở kinh doanh phải lập hoá đơn theo quy định của pháp luật về hoá đơn, trên hoá đơn ghi rõ là hàng bán cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo không tính thuế GTGT và lưu giữ văn bản của tổ chức quốc tế hoặc của cơ quan đại diện của Việt Nam để làm căn cứ kê khai thuế.

Trường hợp tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chực quốc tế mua hàng hoá, dịch vụ tại Việt Nam để viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo có thuế GTGT thì thuộc trường hợp hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 6 Điều 18 Thông tư này;

Căn cứ khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/07/2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế sửa đổi về hoàn thuế GTGT (có hiệu lực từ 01/07/2016).

Việc hoàn thuế giá trị gia tăng đối với các chương trình; dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo được quy định như sau:

Chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính, tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định việc quản lý chương trình, dự án sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức không hoàn lại được hoàn số thuế GTGT đã trả cho hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam để phục vụ cho chương trình, dự án

Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ không hoàn lại, tiền viện trợ nhân đạo của tổ chức, cả nhân nước ngoài để mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam thì được hoàn sổ thuế GTGT đã trả cho hàng hóa, dịch vụ đó.

Căn cứ tiết b, Điểm 6, Khoản 3, Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-B TC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn Nghị định 100//2016/NĐ-CP ngày 01/07/2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế Tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế và sửa đổi một số điều tại các Thông tư về Thuế thì thực hiện theo quy định sau:

Hoàn thuế GTGT đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo.

Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hoá, dịch vụ phục vụ cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam thì được hoàn thuế GTGT đã trả của hàng hoá, dịch vụ đó.

Căn cứ khoản 2 Điều 51 Chương II Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ quy định về hoàn thuế đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại của nước ngoài mua hàng hoá, dịch vụ có thuế GTGT ở Việt Nam để viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo như sau:

Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này;

Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào mẫu số 01-1/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này;

Văn bản phê duyệt các khoản viện trợ của cấp có thẩm quyền (bản chụp có xác nhận của người nộp thuế);

Văn bản xác nhận của Bộ Tài chính (đối với viện trợ nước ngoài thuộc nguồn thu ngân sách trung ương) hoặc của Sở Tài chính (đối với viện trợ nước ngoài thuộc nguôn thu ngân sách địa phương) về khoản tiền viện trợ của tổ chức phi chính phủ nước ngoài nêu rõ tên tổ chức viện trợ, giá trị khoản viện trợ, cơ quan tiếp nhận, quản lý viện trợ.

Căn cứ công văn số 3124/TCT-KK ngày 30/08/2012 của Tổng cục Thuế hướng dẫn thủ tục hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với các tổ chức phi chính phủ; Căn cứ vào Hiệp định số 83/2005/LPQT của Bộ Ngoại giao ký ngày 04/8/2005; Căn cứ Thỏa thuận hợp tác số 1Ư2GGH001812-01 giữa Tổ chức Program for Appropriate Technology in Health (PATH) ký thỏa thuận hợp tác với Trung tâm dự phòng và kiểm soát dịch bệnh Hoa Kỳ;

Căn cứ Dự thảo Dự án hỗ trợ kỹ thuật sử dụng vốn viện trợ PCPNN hỗ trợ kỹ thuật nhằm nâng cao năng lực thực hiện an ninh y tế toàn cầu tại khu vực miền Bắc Việt Nam năm 2016 thể hiện PATH là nhà tài trợ, chủ dự án là Viện vệ sinh dịch tễ Trung ươmg, hình thức vốn viện trợ PCPNN không hoàn lại;

Căn cứ các quy định trên và nội dung trình bày của đơn vị, Tổ chức Program for Appropriate Technology in Health (PATH) là một tổ chức phi chính phủ quốc tế hoạt động về lĩnh vực y tế, nhận tài trợ từ các tổ chức và cá nhân quốc tế để triển khai hoạt động viện trợ nhân đạo tại các nước trong đó có Việt Nam. PATH được Trung tâm dự phòng và kiểm soát dịch bệnh Hoa Kỳ (CDC) trao Thỏa thuận hợp tác số 1U2GGH001812-01 để triển khai dự án họp tác an ninh y tế toàn cầu tại Việt Nam Senegal, Tanzania và Việt Nam. Một phần ngân sách viện trợ này sẽ được chuyển cho các đối tác để triển khai các hoạt động của dự án, phần còn lại do PATH quản lý.

Trường hợp PATH trực tiếp mua hàng hóa dịch vụ rồi chuyển cho các đối tác tại Việt Nam để triển khai thực hiện dự án viện trợ không hoàn lại tại Việt Nam thì được hoàn lại số thuế GTGT đã trả theo quy định tại khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và tiết b, điểm 6, khoản 3, điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC nêu trên. Trường hợp PATH mua hàng hóa, dịch vụ để sử dụng cho hoạt động của tổ chức tại Việt Nam, số thuế GTGT mua vào không phục vụ cho dự án viện trợ không hoàn lại tại Việt Nam thì không được hoàn thuế;

Thủ tục hoàn thuế GTGT được thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều 5 Thông tư số 156/2013/TT-BTC nêu trên. Trường hợp không có “Văn bản phê duyệt các khoản viện trợ của cấp có thẩm quyền” thì được thay thế bằng: Hiệp định ký kết giữa Chính phủ Bên tài trợ với Chính phủ Việt Nam; Văn bản thỏa thuận giữa Bên tài trợ với Tổ chức PCP phù hợp với nội dung Hiệp định ký kết giữa Chính phủ Bên tài trợ với Chính phủ Việt Nam;

Công văn này thay thế nội dung Công văn số 61080/CT-TTHT ngày 26/09/2016 của Cục thuế TP. Hà Nội.