Theo đó, cá nhân, tổ chức thực hiện hành vi vi phạm hành chính về hải quan một cách cố ý hoặc vô ý mà không phải là tội phạm thì bị xử phạt theo quy định của Nghị định xử phạt vi phạm hành chính và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính trong lĩnh vực hải quan.

Cá nhân, tổ chức thực hiện hành vi vi phạm các quy định quản lý nhà nước về hải quan thì bị xử phạt theo quy định tại Nghị định quy định xử phạt vi phạm hành chính và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính trong lĩnh vực hải quan hoặc các Nghị định của Chính phủ về xử phạt vi phạm hành chính liên quan đến lĩnh vực hải quan.

Ngoài ra, nếu cá nhân, tổ chức đã thực hiện hành vi vi phạm hành chính mà từ chối nhận hàng thì vẫn phải chịu trách nhiệm pháp lý đối với hành vi vi phạm do mình thực hiện theo quy định.

Thông tư cũng quy định việc xử phạt vi phạm hành chính, áp dụng các hình thức xử phạt, các biện pháp khắc phục hậu quả, áp dụng các biện pháp ngăn chặn vi phạm hành chính và bảo đảm việc xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan phải tuân thủ các nguyên tắc, trình tự, thủ tục và thẩm quyền quy định tại Luật Xử lý vi phạm hành chính số 15/2012/QH13, Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH10, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13, Nghị định số 81/2013/NĐ-CP ngày 19/7/2013 của Chính phủ, Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ, Nghị định số 127/NĐ-CP ngày 15/10/2013 của Chính phủ .Việc áp dụng các quy định để xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan được thực hiện theo quy định tại Điều 83 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật năm 2008, Điều 3 Nghị quyết số 24/2012/QH13 ngày 20/6/2012 của Quốc hội về việc thi hành Luật Xử lý vi phạm hành chính.

Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan tổ chức và chỉ đạo việc xử lý vi phạm hành chính, cưỡng chế thi hành quyết định hành chính trong lĩnh vực hải quan; kiểm tra việc tuân thủ pháp luật và giải quyết khiếu nại để bảo đảm thực hiện thống nhất trong toàn ngành, đúng quy định của pháp luật. Thủ trưởng trực tiếp của người có thẩm quyền xử phạt có trách nhiệm tổ chức kiểm tra việc xử lý vi phạm hành chính của cấp dưới. Cục trưởng Cục Hải quan, Cục trưởng Cục Điều tra chống buôn lậu, Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan thuộc Tổng cục Hải quan tổ chức kiểm tra chặt chẽ việc xử lý vi phạm hành chính tại đơn vị mình. Tại các Chi cục Hải quan, Đội kiểm soát thuộc Cục Hải quan phải cử cán bộ chuyên theo dõi, hướng dẫn, kiểm tra việc xử phạt vi phạm hành chính của các Đội nghiệp vụ.

Cán bộ, công chức Hải quan có thẩm quyền xử phạt, áp dụng biện pháp ngăn chặn vi phạm hành chính và bảo đảm việc xử phạt vi phạm hành chính, cưỡng chế thi hành quyết định hành chính hoặc được giao nhiệm vụ tham mưu cho người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính, cưỡng chế thi hành quyết định hành chính trong lĩnh vực hải quan có hành vi vi phạm quy định của pháp luật hoặc thiếu tinh thần trách nhiệm hay sách nhiễu, vụ lợi thì tuỳ theo mức độ vi phạm sẽ bị xử lý nghiêm khắc theo quy định của pháp luật; nếu gây thiệt hại về vật chất cho cá nhân, tổ chức thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật về trách nhiệm bồi thường của Nhà nước.