Giao dịch liên kết được hiểu là giao dịch kinh doanh giữa các bên liên kết. Trong đó các bên liên kết là các bên có mối quan hệ trực tiếp hoặc gián tiếp trong điều hành, kiểm soát, góp vốn hoặc đầu tư dưới mọi hình thức.

Xuất phát từ quyền tự do thỏa thuận giá giao dịch, các bên có thể đưa ra giá thấp hơn hoặc cao hơn giá thị trường. Điều này nhắm đến việc điều tiết nghĩa vụ thuế từ nơi có mức thuế suất cao sang nơi có mức thuế suất thấp, làm giảm tổng nghĩa vụ thuế và tăng lợi nhuận sau thuế của các bên. Chính vì vậy, nhà nước cần thiết phải quản lý các giao dịch liên kết dựa trên một cơ sở hợp lý chứ không thể dựa vào sự thỏa thuận của các bên. Giá tính thuế của các giao dịch liên kết được xác định bằng những phương pháp sau:

Phương pháp so sánh giá giao dịch độc lập: dựa vào đơn giá sản phẩm trong giao dịch độc lập để xác định đơn giá sản phẩm trong giao dịch liên kết khi các giao dịch này có điều kiện giao dịch tương đương nhau.

Phương pháp giá bán lại: dựa vào giá bán lại (hay giá bán ra) của sản phẩm do doanh nghiệp bán cho bên độc lập để xác định giá mua vào của sản phẩm đó từ bên liên kết.

Phương pháp giá vốn cộng lãi: dựa vào giá vốn (hoặc giá thành) của sản phẩm do doanh nghiệp mua vào từ bên độc lập để xác định giá bán ra của sản phẩm đó cho bên liên kết.

Phương pháp so sánh lợi nhuận:  dựa vào tỷ suất sinh lời của sản phẩm trong các giao dịch độc lập được chọn để so sánh làm cơ sở xác định tỷ suất sinh lời của sản phẩm trong giao dịch liên kết khi các giao dịch này có điều kiện giao dịch tương đương nhau.

Phương pháp tách lợi nhuận dựa vào lợi nhuận thu được từ một giao dịch liên kết tổng hợp do nhiều doanh nghiệp liên kết thực hiện để xác định lợi nhuận thích hợp cho từng doanh nghiệp liên kết đó theo cách các bên độc lập thực hiện phân chia lợi nhuận trong các giao dịch độc lập tương đương.

Hiện nay, cơ chế quản lý thuế dựa trên sở tự nguyện khai thuế và nộp thuế. Tương tự đối với các giao dịch liên kết, công ty đa quốc gia phải tự kê khai và nộp cho cơ quan Thuế trong kỳ nộp thuế thu nhập doanh nghiệp hàng năm.

Thông thường, doanh nghiệp lựa chọn phương pháp xác định giá thị trường mà phù hợp với điều kiện giao dịch và có nguồn thông tin, dữ liệu, số liệu đầy đủ và tin cậy nhất để xác định giá giao dịch.

Bên cạnh đó, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế có hiệu lực từ ngày 01/7/2013 đã bổ sung thêm cơ chế thỏa thuận trước phương pháp xác định giá tính thuế (gọi tắt là APA – Advance Pricing Agreement). Theo đó Tổng cục Thuế căn cứ vào yêu cầu của người nộp thuế hoặc cơ quan Thuế nước ngoài để quyết định đàm phán APA.

Đưa giá giao dịch liên kết về đúng với giá thị trường không những bảo vệ quyền lợi của quốc gia mà còn mang lại môi trường cạnh tranh lành mạnh giữa các doanh nghiệp với nhau.