Thông tư này quy định chứng từ kế toán, tài khoản kế toán, sổ kế toán, báo cáo kế toán (báo cáo tài chính, báo cáo kế toán quản trị) và các công việc có liên quan đến kế toán nghiệp vụ thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Các quy định này áp dụng cho các đơn vị hải quan gồm Tổng cục Hải quan; Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Chi cục Hải quan, Đội Kiểm soát Hải quan và đơn vị tương đương trong việc thực hiện công tác kế toán nghiệp vụ thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Về trách nhiệm quản lý, sử dụng, cung cấp thông tin, tài liệu kế toán, cơ quan Hải quan phải xây dựng quy chế quản lý, sử dụng, bảo quản tài liệu kế toán nghiệp vụ thuế xuất nhập khẩu, trong đó quy định rõ trách nhiệm và quyền hạn đối với từng bộ phận và từng người làm kế toán; phải bảo đảm đầy đủ cơ sở vật chất, phương tiện quản lý, bảo quản tài liệu kế toán.

Cơ quan Hải quan cũng có trách nhiệm cung cấp thông tin, tài liệu kế toán nghiệp vụ thuế xuất nhập khẩu cho cơ quan Nhà nước có thẩm quyền thực hiện chức năng theo quy định của pháp luật.

Các cơ quan được cung cấp tài liệu kế toán phải có trách nhiệm giữ gìn, bảo quản tài liệu kế toán trong thời gian sử dụng và phải hoàn trả đầy đủ, đúng hạn tài liệu kế toán đã sử dụng.

Việc cung cấp thông tin, tài liệu cho các đối tượng do Thủ trưởng cơ quan Hải quan quyết định theo quy định của pháp luật.

Việc khai thác, sử dụng tài liệu kế toán phải được sự đồng ý bằng văn bản của Thủ trưởng cơ quan Hải quan hoặc người được uỷ quyền.

Theo đại diện của Cục thuế XNK (Tổng cục Hải quan), việc xây dựng dự thảo Thông tư mới này là để phù hợp với Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, Luật Xử lý vi phạm hành chính, Luật Hải quan 2014 và các văn bản hướng dẫn thực hiện Luật. Đồng thời, điều chỉnh lại những nội dung cũ không còn phù hợp, còn vướng mắc của các đơn vị hải quan trong quá trình thực hiện về kế toán thuế, để thống nhất với định hướng cải cách hiện đại hóa thủ tục hải quan.

Thông tư này có hiệu lực từ ngày 1-1-2015, thay thế Thông tư 32/2006/TT-BTC hướng dẫn kế toán nghiệp vụ thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và Thông tư 121/2007/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Thông tư 32.

Các hướng dẫn liên quan đến kế toán nghiệp vụ thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của Bộ Tài chính ban hành trước ngày Thông tư này có hiệu lực cũng bị bãi bỏ.