Căn cứ quy định tại Điều 6, Điều 7 Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 (đã được sửa đổi, bổ sung tại khoản 2 Điều 1 của Luật số 31/2013/QH13) về căn cứ tính thuế và giá tính thuế.

Đồng thời, theo Khoản 3 Điều 28 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước.

Căn cứ các quy định nêu trên, Tổng cục Thuế hướng dẫn, đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước, khi chủ đầu tư làm thủ tục thanh toán, Kho bạc Nhà nước nơi chủ đầu tư mở tài khoản giao dịch có trách nhiệm khấu trừ số thuế giá trị gia tăng để nộp vào ngân sách nhà nước theo tỷ lệ quy định là 2% trên số tiền thanh toán khối lượng các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản. Số thuế giá trị gia tăng do Kho bạc Nhà nước khấu trừ theo chứng từ thanh toán này được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp của người nộp thuế là đơn vị nhận thầu theo đúng quy định tại Khoản 3 Điều 28 Thông tư số 156/2013/TT-BTC nêu trên.