Theo Công ty CP Tập đoàn thủy sản Minh Phú, sau hơn 2 tháng áp dụng Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lí thuế, đã đơn giản hóa thủ tục hành chính thuế, làm tăng thêm uy tín cho những doanh nghiệp làm ăn chân chính và hoạt động kinh doanh có hiệu quả.

Tuy nhiên đã phát sinh một số vấn đề ảnh hưởng đến quá trình làm thủ tục xuất nhập khẩu đối với mặt hàng thủy sản, nhất là đối với những lô hàng xuất khẩu bị trả về.

Theo Công ty CP tập đoàn thủy sản Minh Phú, ngày 13/9/2013, doanh nghiệp mở tờ khai nhập khẩu lô hàng thủy sản xuất khẩu bị trả về. Theo quy định tại Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lí thuế, doanh nghiệp phải đóng thuế nhập khẩu, thuế VAT trước khi thông quan hàng hóa.

Doanh nghiệp định sử dụng hình thức bảo lãnh ngân hàng trong thời hạn 30 ngày, nhưng bảo lãnh ngân hàng kèm theo phạt chậm nộp. Công ty CP tập đoàn thủy sản Minh Phú là doanh nghiệp ưu tiên, nếu bị phạt chậm nộp sẽ ảnh hưởng đến uy tín của doanh nghiệp.

Theo Công ty CP tập đoàn thủy sản Minh Phú, các doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản đang phải chịu nhiều áp lực về các vụ kiện chống bán phá giá, chống trợ cấp, hàng rào kĩ thuật… đã làm nhiều lô hàng xuất khẩu bị trả về.

Việc doanh nghiệp bị trả hàng về đã chịu nhiều tổn thất về các loại chi phí, nay phải chịu thêm thuế nhập khẩu như hàng nhập khẩu, với lô hàng trị giá lớn, thuế suất cao (từ 10-30% đối với từng mặt hàng) khiến cho số tiền thuế phải nộp ngay rất cao, mặc dù số thuế này sau đó sẽ được hoàn trả theo quy định tại Thông tư 194/2010/TT-BTC.  

Trước khó khăn trên, Công ty CP tập đoàn thủy sản Minh Phú đã đề xuất Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan… kiến nghị Chính phủ xem xét quy định đối với việc nộp thuế nhập khẩu trước khi thông quan hàng hóa hoặc giải phóng hàng hóa, bảo lãnh ngân hàng kèm theo phạt chậm nộp cho hàng xuất khẩu bị trả về.