Hiện nay, việc đẩy nhanh giải ngân vốn đầu tư công, quan tâm tiến độ giải ngân ngay từ đầu năm được Chính phủ và các cấp chính quyền coi là một trong những biện pháp kích thích, phục hồi tăng trưởng kinh tế, đặc biệt trong tình hình dịch Covid-19 còn diễn biến phức tạp, hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp còn tiếp tục khó khăn.

Tuy nhiên vì nhiều lý do cả từ phía doanh nghiệp và từ các cấp, ngành, các đơn vị sử dụng vốn NSNN mà việc thanh quyết toán vốn đầu tư của nhiều công trình, dự án bị chậm trễ, nhiều công trình đã nghiệm thu/ quyết toán giữa chủ đầu tư (bên A) và doanh nghiệp (bên B) nhưng chậm thanh toán kéo dài, doanh nghiệp bị nợ đọng vốn nên rất khó khăn, dẫn đến nợ dây chuyền giữa các doanh nghiệp, nợ ngân hàng và nợ NSNN, bị áp dụng các biện pháp cưỡng chế nợ thuế dẫn đến doanh nghiệp càng khó khăn hơn.

Để tháo gỡ khó khăn, đảm bảo công bằng giữa Nhà nước và doanh nghiệp, Luật số 71/2014/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của các luật về thuế có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2015 đã quy định:

“Trường hợp người nộp thuế cung ứng hàng hoá, dịch vụ được thanh toán bằng nguồn vốn NSNN nhưng chưa được thanh toán nên không nộp kịp thời các khoản thuế dẫn đến nợ thuế thì không phải nộp tiền chậm nộp tính trên số tiền thuế còn nợ nhưng không vượt quá số tiền NSNN chưa thanh toán phát sinh trong thời gian NSNN chưa thanh toán” và được hướng dẫn chi tiết tại Khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính.

Quy định này đã khắc phục bất cập trong quy định trước đây là người nộp thuế được gia hạn nộp thuế tương ứng với số tiền NSNN chưa thanh toán nhưng thời gian chỉ tối đa không quá 01 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế, trong khi thực tế nhiều công trình chậm thanh toán nhiều năm với số tiền lớn.

Kế thừa quy định nêu trên, Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 tiếp tục có quy định tại Khoản 5 Điều 59 nêu rõ "Không tính tiền chậm nộp trong các trường hợp sau đây:

"Người nộp thuế cung ứng hàng hóa, dịch vụ được thanh toán bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước, bao gồm cả nhà thầu phụ được quy định trong hợp đồng ký với chủ đầu tư và được chủ đầu tư trực tiếp thanh toán nhưng chưa được thanh toán thì không phải nộp tiền chậm nộp.

Số tiền nợ thuế không tính chậm nộp là tổng số tiền thuế còn nợ ngân sách nhà nước của người nộp thuế nhưng không vượt quá số tiền ngân sách nhà nước chưa thanh toán…”

Trong thời gian chưa có Thông tư hướng dẫn Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, để được xét không tính chậm nộp các doanh nghiệp tiếp tục thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 26/2015/TT-BTC. Về hồ sơ, doanh nghiệp cần gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp văn bản xác nhận của đơn vị sử dụng vốn NSNN về việc doanh nghiệp chưa được thanh toán theo mẫu số 01/TCN ban hành kèm theo Thông tư; đồng thời tập hợp hợp đồng, hóa đơn chứng từ, hồ sơ tài liệu liên quan để xuất trình cho cơ quan thuế khi kiểm tra.

Cơ quan Thuế sẽ thực hiện kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp, thời gian kiểm tra tối đa là 03 ngày làm việc. Sau khi kiểm tra, nếu doanh nghiệp thuộc trường hợp không tính chậm nộp thì cơ quan thuế ban hành thông báo về việc doanh nghiệp không phải nộp tiền chậm nộp thuế và chưa thực hiện cưỡng chế với khoản nợ thuế không tính tiền chậm nộp này; ngược lại cơ quan thuế sẽ ban hành thông báo về việc doanh nghiệp phải nộp tiền chậm nộp thuế và cưỡng chế theo quy định.

Đây là một giải pháp hữu hiệu và thiết thực giúp doanh nghiệp gặp khó khăn về tài chính có thêm thời gian giãn nộp thuế đến khi được NSNN thanh toán. Tuy nhiên nhiều doanh nghiệp khi lập hồ sơ vẫn lúng túng, hiểu không đầy đủ quy định dẫn đến xác định sai số tiền không tính chậm nộp, lập hóa đơn và khai thuế sai dẫn đến không được chấp nhận không tính chậm nộp hoặc bị xử phạt. Một số điểm doanh nghiệp cần lưu ý sau đây:

(1) Doanh nghiệp cần rà soát để đảm bảo giá trị nghiệm thu/ quyết toán đã được lập hóa đơn và khai thuế (nếu đã đến thời hạn kê khai);

(2) Số tiền thuế nợ xét không tính chậm nộp gồm cả tiền thuế và các khoản thu NSNN có nguồn gốc không liên quan đến công trình vốn NSNN đang xem xét.

(3) Trường hợp hợp đồng ký kết giữa chủ đầu tư và doanh nghiệp không xác định được thời hạn thanh toán thì thời hạn mà chủ đầu tư phải thanh toán cho doanh nghiệp được xác định là ngày doanh nghiệp phải kê khai thuế theo quy định của pháp luật đối với việc cung ứng hàng hóa, dịch vụ được thanh toán bằng vốn NSNN này.

(4) Giá trị thỏa thuận bên A giữ lại để bảo hành khi quyết toán công trình, nếu chưa hết thời gian bảo hành thì không được tính là số tiền đơn vị sử dụng vốn NSNN nợ do chưa đến thời hạn thanh toán.

Khi được NSNN thanh toán, doanh nghiệp có trách nhiệm thông báo cho cơ quan thuế theo mẫu số 02/TCN ban hành kèm theo Thông tư số 26/2015/TT-BTC và nộp tiền thuế vào NSNN, cơ quan Thuế sẽ tiếp tục theo dõi tiền thuế nợ và tính chậm nộp theo quy định. Những nội dung chưa nắm rõ, doanh nghiệp có thể liên hệ trực tiếp với cơ quan Thuế (bộ phận Quản lý nợ hoặc bộ phận Tuyên truyền - Hỗ trợ NNT) để được hướng dẫn.