Kết quả kiểm toán 11 dự án BOT năm 2019 cho thấy: Bộ Giao thông vận tải cho phép lập dự án BOT trước khi Chính phủ chấp thuận chủ trương dự án; không thực hiện quy trình lập, phê duyệt và công bố danh mục dự án BOT; phê duyệt dự án trước khi có Báo cáo đánh giá tác động môi trường; không công bố danh mục dự án; không tổ chức đấu thầu rộng rãi để lựa chọn nhà đầu tư và hầu hết chỉ định nhà thầu thi công; xác định sai tăng tổng mức đầu tư; thi công một số gói thầu trước khi lựa chọn nhà thầu (Dự án cao tốc Trung Lương-Mỹ Thuận giai đoạn 1); công tác thu xếp vốn tín dụng của nhà đầu tư chưa đảm bảo quy định hợp đồng BOT hoặc chưa đảm bảo tiến độ thực hiện dự án.

Bên cạnh đó, ở một số dự án BOT, việc góp vốn chủ sở hữu diễn ra chậm, xác định chi phí sửa chữa, duy tu trong phương án tài chính chưa đủ cơ sở và căn cứ pháp lý; chưa cập nhật chi phí sử dụng trạm thu phí không dừng theo hướng dẫn của Bộ Giao thông vận tải và Chính phủ; sử dụng nguồn vốn thu phí BOT để hoàn vốn cho hạng mục không thuộc dự án; lập thiết kế - dự toán còn sai sót; tiến độ thực hiện chậm so với kế hoạch; nghiệm thu, thanh toán còn sai sót; chậm phê duyệt quyết toán theo quy định của hợp đồng BOT...

Kết quả kiểm toán kiến nghị xử lý 513,9 tỷ đồng, trong đó có dự án tỷ lệ xử lý lớn; giảm thời gian thu phí hoàn vốn của 7 dự án 56,4 năm so với phương án ban đầu.

Đối với 28 dự án BT tại các địa phương, Kiểm toán Nhà nước chỉ ra rằng, hầu hết các dự án đều chỉ định nhà đầu tư; có dự án chỉ định nhà đầu tư sau khi triển khai thi công dự án.

Các dự án chủ yếu do nhà đầu tư đề xuất và đưa vào danh mục đầu tư, chuyển đổi hình thức đầu tư dự án từ sử dụng vốn ngân sách nhà nước sang đầu tư theo hình thức đối tác công tư (PPP); dự án do nhà đầu tư đề xuất không lấy ý kiến các bộ, ngành theo quy định (Dự án Công viên hồ điều hòa Văn Miếu và Dự án đầu tư xây dựng Nhà máy nước mặt thành phố Bắc Ninh); có dự án không thực hiện xây dựng và công bố danh mục dự án (Dự án Xây dựng đường D3 kết nối vào cảng Sài Gòn - Hiệp Phước); có dự án lựa chọn nhà đầu tư hạn chế năng lực tài chính nên phải thay đổi từ hình thức thanh toán bằng đất sang bằng tiền (Dự án xây dựng đường kết nối với cầu Phú Mỹ).

Nhiều nơi xác định tổng mức đầu tư ban đầu không chính xác (Dự án xây dựng tuyến đường từ đê Ngọc Thụy đến khu đô thị mới Thượng Thanh, quận Long Biên giảm dự toán 69,2 tỷ đồng, chi phí đền bù giải phóng mặt bằng giảm 754,3 tỷ đồng; Dự án xây dựng đường 2,5 đoạn Đầm Hồng - Quốc lộ 1A giảm 251,4 tỷ đồng; Dự án cải tạo và xây dựng hệ thống cống nối thông hồ Vục, hồ Đầu Băng và hồ Tư Đình, quận Long Biên giảm 26 tỷ đồng, chi phí đền bù giải phóng mặt bằng giảm 59,8 tỷ đồng); Dự án Công viên hồ điều hòa Văn Miếu (Bắc Ninh) phê duyệt dự án sau khi triển khai thi công và chưa có báo cáo đánh giá tác động môi trường.

Một số dự án phê duyệt điều chỉnh không đúng quy định và còn sai sót, phê duyệt diện tích và giá đất tạm tính vượt giá trị dự án BT; phê duyệt điều chỉnh dự án chưa xác định rõ nguồn vốn hợp pháp khác; ký hợp đồng BT sau khi nhà đầu tư đã thực hiện thi công và ký kết phụ lục hợp đồng bổ sung chi phí lãi vay từ thời điểm phê duyệt quyết toán dự án BT đến thời điểm được giao đất dự án đối ứng không phù hợp quy định; ký hợp đồng chưa đúng quy định, không đảm bảo nguyên tắc ngang giá; không quy định cơ cấu tỷ lệ vốn chủ sở hữu của nhà đầu tư để thực hiện dự án đền bù giải phóng mặt bằng theo quy định làm tăng chi phí đầu tư thực hiện dự án BT do đơn vị đang tính chi phí lãi vay trên 100% chi phí đền bù giải phóng mặt bằng...

Điển hình là việc các ô đất sử dụng đầu tư dự án nhà ở thương mại phục vụ tái định cư nhưng khi ký hợp đồng BT vẫn được dự kiến để thanh toán cho nhà đầu tư thực hiện dự án đối ứng (Dự án xây dựng tuyến đường Minh Khai - Vĩnh Tuy - Yên Duyên đoạn nối từ đường Minh Khai đến đường vành đai 2,5, Hà Nội); ký hợp đồng BT trong đó vượt diện tích thanh toán dự án khác 85 ha so với Báo cáo nghiên cứu khả thi (Dự án đường Nam sông Đốc ở Cà Mau).

Tại nhiều dự án, việc lập và phê duyệt thiết kế Bản vẽ thi công - dự toán còn nhiều sai sót, qua kiểm toán giảm 340,398 tỷ đồng; triển khai dự án trước khi cấp giấy chứng nhận đầu tư; công tác quản lý chất lượng công trình còn nhiều tồn tại; hầu hết các dự án BT và các dự án đối ứng đều chậm tiến độ so với hợp đồng.

Tại các tỉnh Thanh Hóa, Hưng Yên, Vĩnh Phúc vẫn còn tình trạng phê duyệt, giao đất cho nhà đầu tư thanh toán dự án BT khi đã có văn bản tạm dừng của Bộ Tài chính; giao đất thanh toán cho dự án BT chưa phù hợp quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất.

Hà Nội và Bắc Ninh giao đất trước khi dự án BT hoàn thành không đúng quy định và giao đất cho nhà đầu tư thực hiện dự án đối ứng không qua đấu giá theo quy định của Luật Đất đai 2013.

Tỉnh Khánh Hòa xác định đơn giá đất chưa phù hợp; Bắc Ninh, Thanh Hóa, Hà Nội xác định giá đất để giao cho nhà đầu tư tại một số dự án còn tồn tại, bất cập.

Kết quả kiểm toán 28 dự án BT kiến nghị xử lý 5.058,4 tỷ đồng, trong đó có dự án tỷ lệ xử lý lớn so với giá trị được kiểm toán.