Số thu của ngành hụt so với dự toán, đạt 88,4% và giảm 8,8% so với cùng kỳ 2011, do những nguyên nhân khó khăn chung của nền kinh tế.

Cụ thể, tình hình kinh tế thế giới và khu vực có nhiều biến động. Trong nước, hàng hóa tồn kho nhiều, sản xuất đình trệ, nợ ngân hàng cao, nhiều doanh nghiệp kinh doanh không hiệu quả, thua lỗ, hoạt động cầm chừng, khó khăn về tài chính hoặc rơi vào tình trạng giải thể, phá sản hoặc có nguy cơ giải thể, phá sản.

Bên cạnh đó, nước ta phải thực hiện các cam kết cắt giảm thuế với theo lộ trình hội nhập quốc tế.

Tốc độ tăng trưởng GDP năm 2012 đạt 5,03%, thấp hơn dự kiến 1,47%. Cán cân thương mại của Việt Nam năm 2012 đảo chiều thặng dư 780 triệu USD (trong khi năm 2011 thâm hụt 9,84 tỷ USD).

Tuy nhiên, tổng kim ngạch nhập khẩu hàng hoá chịu thuế đạt 62,76 tỷ USD, chiếm 55,2% tổng kim ngạch nhập khẩu cả nước, giảm 6,5% (tương đương giảm 4,37 tỷ USD) so với năm 2011. Trong đó, loại hình nhập kinh doanh đạt 55,6 tỷ USD, giảm 7,2%; loại hình nhập đầu tư có thuế là 6,8 tỷ USD giảm 4,2% so với cùng kỳ năm trước.

Công tác thu hồi nợ đọng đạt được những kết quả khả quan. Tính đến ngày 31/12/2012, toàn ngành Hải quan thu hồi nợ thuế chuyên thu quá hạn quá 90 ngày và nợ thuế khó thu là 2.415,13 tỷ đồng, đạt 120,75% so với chỉ tiêu giao thu hồi, đạt 192,82% so với cùng kỳ năm 2011.

Năm 2012, dự toán thu NSNN đã được Quốc hội thông qua là 237.500 tỷ đồng và tăng so với thực hiện năm 2012 là 20% (237.500/197.845 tỷ đồng). Tính bình quân mỗi tháng năm 2013, ngành Hải quan phải thu 19.792 tỷ đồng, so với số thu thực tế phát sinh năm 2012 tăng 24%.

Đây là nhiệm vụ hết sức khó khăn trong bối cảnh kinh tế thế giới và khu vực có nhiều biến động. Trong nước, hàng hóa tồn kho vẫn còn nhiều, sản xuất đình trệ, nợ ngân hàng cao, nhiều doanh nghiệp kinh doanh không hiệu quả, thua lỗ, có nguy cơ giải thể, phá sản và Việt Nam tiếp tục thực hiện các cam kết cắt giảm thuế theo lộ trình hội nhập quốc tế.

Bên cạnh việc triển khai quyết liệt các giải pháp trong ngành, Tổng cục Hải quan kiến nghị điều chỉnh tăng thuế NK đối với những mặt hàng trong nước đã sản xuất được và đáp ứng nhu cầu trong nước; Điều chỉnh thuế suất xăng dầu kịp thời theo đề xuất của Bộ Tài chính; Căn cứ vào tình hình hoạt động của Tập đoàn than, khoáng sản và giá xuất khẩu, đề nghị điều chỉnh tăng thuế suất thuế xuất khẩu mặt hàng than kịp thời để tăng thu cho ngân sách; Cho phép hàng hóa thuộc danh mục hàng tiêu dùng được đưa từ kho ngoại quan vào tiêu thụ tại thị trường Việt Nam.

Riêng với Bộ Công thương, Tổng cục Hải quan kiến nghị Bộ xem xét tạo điều kiện thuận lợi đối với việc cấp C/O ưu đãi cho hàng hoá gửi kho ngoại quan của chủ hàng nước ngoài xuất khẩu sang nước là thành viên hiệp định FTA. Kiến nghị Bộ Công thương sửa đổi, bổ sung Thông tư 20/2011/TT-BCT ngày 12/5/2011 về bổ sung thủ tục NK xe ôtô chở người loại 9 chỗ ngồi trở xuống theo hướng: bãi bỏ quy định về việc bổ sung Giấy chỉ định hoặc giấy ủy quyền là nhà nhập khẩu, nhà phân phối của chính hãng sản xuất, kinh doanh mặt hàng đó; gỡ bỏ hạn chế 3 cửa khẩu theo quy định tại TT20.