Một trong những nguyên nhân quan trọng được Kiểm toán Nhà nước chỉ ra là đang có những lỗ hổng trong quản lý và sử đụng đất công. Các địa phương buông lỏng quản lý khiến việc hướng dẫn và điều hành quản lý sử dụng đất công nảy sinh nhiều bất cập. Tình trạng thất thu ở các đơn vị sự nghiệp còn khá nhiều, đặc biệt là nguồn thu từ đất công. Số tiền Kiểm toán Nhà nước kiến nghị tăng thu về đất công ở các địa phương lên đến 1.049 tỷ đồng và có đến 11 tỉnh, thành thực hiện việc miễn, giảm thuế đất không đúng đối tượng; miễn, giảm thu tiền sử dụng đất sai đối tượng, sai thẩm quyền... khiến ngân sách nhà nước thất thu hơn 68 tỷ đồng, gấp hơn 3 lần số thất thoát của năm 2006 (số thất thoát năm 2006 là 20 tỷ đồng).

Công tác chỉ đạo thiếu tính quyết liệt, không có sự phối hợp và hướng dẫn đồng bộ giữa các đơn vị liên quan dẫn đến sai phạm ở cả khâu xác định miễn, giảm thuế thu nhập từ hoạt động chuyển quyền sử đất lẫn khâu chuyển quyền thuê đất. Ở một số địa phương như Bình Dương, Đồng Nai, Quảng Ninh, Bà Rịa-Vũng Tàu, đất bị áp sai giá, hệ số tính giá thuê đất không được xác định đúng, ưu đãi đầu tư sai, dẫn đến nguồn thu ngân sách nhà nước bị thất thoát. Thậm chí tại một số địa phương, trong một số dự án như: đổi đất lấy hạ tầng, giao đất có thu tiền sử dụng đất..., chủ đầu tư còn lấn ra ngoài ranh giới được giao, chuyển nhượng đất trên diện tích thuộc quyền quản lý của địa phương khiến ngân sách bị thất thu. Địa phương biết nhưng không có biện pháp xử lý... 

Ngay cả ở các các Tập đoàn, Tổng công ty Nhà nước, những đơn vị sử dụng nhiều đất công, cũng đang xảy ra tình trạng thất thoát, lãng phí đất công. Theo số liệu của Kiểm toán Nhà nước, sau khi kiểm toán hồ sơ thuế của 469 doanh nghiệp tại cơ quan thuế ở 35 địa phương, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị tăng thu ngân sách hơn 221 tỷ đồng tiền sử dụng đất và 103 tỷ đồng tiền thuê đất.  Trong số các Tập đoàn, Tổng công ty sử dụng không hiệu quả nguồn đất công được giao có Tổng công ty Xây dựng Sài Gòn. Hiện doanh nghiệp này đang quản lý 25 mặt bằng đất với diện tích tương đối lớn nhưng vẫn bỏ hoang, hoặc có phương án sử dụng nhưng quá trình triển khai quá chậm, kéo dài nên hiệu quả rất thấp.

Kết quả kiểm toán cũng cho thấy tốc độ triển khai nhiều dự án chậm. Nhiều công trình sau khi hoàn thiện đã không thể đưa vào sử dụng và bị bỏ hoang.

Rõ ràng tổng lãng phí đất công mà những công trình này gây ra, trong đó có cả hữu hình và vô hình, tuy chưa được thống kê cụ thể nhưng chắc chắn không phải là con số dễ chịu.