Đối với việc phân công thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành, Thanh tra Tổng cục, các phòng thanh tra, kiểm tra, các bộ phận thanh tra thuộc Cục Hải quan các tỉnh, thành phố làm đầu mối tổng hợp, tham mưu về hoạt động thanh tra chuyên ngành Hải quan trong toàn Ngành.

Bên cạnh đó, các đơn vị này sẽ chủ trì các đoàn thanh tra chuyên ngành theo kế hoạch và đột xuất đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, trên cơ sở quy định đối với ngành Hải quan (có 2 cấp thanh tra chuyên ngành gồm: Tổng cục Hải quan và Cục Hải quan các tỉnh, thành phố).

Các Cục nghiệp vụ thuộc Tổng cục, các phòng nghiệp vụ thuộc Cục Hải quan các tỉnh, thành phố căn cứ vào lĩnh vực nghiệp vụ chuyên ngành của mình có trách nhiệm xây dựng và chủ trì triển khai các đoàn thanh tra chuyên ngành liên quan tới kế hoạch do đơn vị đã xây dựng. Thanh tra Tổng cục và các Cục Hải quan các tỉnh, thành phố có trách nhiệm phối hợp với các đơn vị nghiệp vụ để thành lập, triển khai các đoàn thanh tra chuyên ngành đảm bảo về mặt quy trình, thủ tục theo quy định.

Về việc xây dựng kế hoạch công tác thanh tra chuyên ngành hàng năm, Thanh tra Tổng cục, các Cục nghiệp vụ thuộc Tổng cục có trách nhiệm xây dựng kế hoạch thanh tra chuyên ngành hàng năm thuộc lĩnh vực quản lý chung của Ngành, của từng đơn vị chuyên môn nghiệp vụ. Thanh tra Cục Hải quan các tỉnh, thành phố, các phòng nghiệp vụ, Chi cục Kiểm tra sau thông quan có trách nhiệm xây dựng kế hoạch thanh tra chuyên ngành, trình Cục trưởng và báo cáo về Tổng cục (chậm nhất trước ngày 25/11 hàng năm).