Ngay nay, nhiều cơ quan hải quan trên thế giới đã nỗ lực hợp tác với doanh nghiệp. Thiết lập quan hệ đối tác thân thiện đã trở thành một nhiệm vụ của các cơ quan hải quan bên cạnh nhiệm vụ thu thuế, tạo thuận lợi cho thương mại, bảo vệ xã hội, bảo vệ các ngành nghề và đảm bảo an ninh thương mại.

Quan hệ đối tác có tầm quan trọng không kém gì nỗ lực chống tham nhũng, cải cách và hiện đại hóa hải quan. Kinh nghiệm đã chỉ ra rằng, việc thắt chặt hợp tác và đối tác với doanh nghiệp đem lại lợi ích cho cả cơ quan hải quan và doanh nghiệp. Trong đó, cơ quan hải sẽ thu được lợi ích từ sự cải thiện về an ninh và hiệu quả thương mại, nâng cao chất lượng kiểm soát. Ngược lại, cộng đồng doanh nghiệp sẽ hưởng lợi từ thông quan nhanh chóng, chi phí giao dịch thấp, thủ tục hải quan minh bạch và dễ hiểu.

Về căn bản, tạo thuận lợi thương mại là mục tiêu chung và được thiết lập dựa trên sự tin tưởng lẫn nhau. Để đạt được mục tiêu này, cơ quan hải quan cần nhận thức rõ tính phức tạp và dễ phương hại của dây chuyền cung ứng thương mại quốc tế và thấu hiểu nhu cầu, ưu tiên của doanh nghiệp. Đồng thời, doanh nghiệp cũng cần nhận thức và nắm bắt tốt về quy định và hệ thống vận hành của cơ quan hải quan để đảm bảo sự tuân thủ pháp luật về hải quan ở mức cao.

Chiến lược của WCO “Hải quan trong thế kỷ thứ 21” đã xác định quan hệ đối tác hải quan - doanh nghiệp là một trong mười trụ cột xác lập nên những nền tảng quan trọng của một cơ quan hải quan hiện đại trong thế kỷ thứ 21. Công ước Kyoto sửa đổi cũng đưa ra một loạt các chuẩn mực nhằm tăng cường tính minh bạch và dễ hiểu của thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp. Trong số này, có Chuẩn mực 3.32 về thủ tục đặc biệt áp dụng đối với các cá nhân tin cậy, Chuẩn mực 9.2 về công bố sớm quy định pháp lý mới hoặc sửa đổi, Chuẩn mực 9.9 về quy tắc rằng buộc, và Chuẩn mực từ 10.1 đến 10.5 về thủ tục khiếu nại.

Đối tác hải quan - doanh nghiệp là trụ cột thứ hai của Khung tiêu chuẩn SAFE (đảm bảo an toàn và tạo thuận lợi cho thương mại toàn cầu). Trụ cột này gồm sáu chuẩn mực: đối tác, an ninh, tin cậy, công nghệ, thông tin và tạo thuận lợi.

Đối tác với doanh nghiệp cũng là nội dung được nhấn mạnh trong tiến trình cải cách và hiện đại hóa hải quan. Trong Chiến lược “Xây dựng năng lực Hải quan của WCO”, khu vực tư được xác định đóng vai trò quan trọng trong các hoạt động xây dựng năng lực. Khu vực tư có thể sử dụng ảnh hưởng của mình với chính phủ để hướng các nguồn lực cần thiết cho các chương trình cải cách và hiện đại hóa hải quan và tham gia hỗ trợ tích cực các sáng kiến xây dựng năng lực thông qua hoạt động đào tạo và trợ giúp kỹ thuật hoặc thông qua tài trợ trực tiếp. Khu vực tư cũng có trách nhiệm tham gia các diễn đàm tham vấn hoặc áp dụng các chuẩn mực thương mại tiên tiến và nghiêm túc.

Kiểm soát biên giới đối với hàng vi phạm quyền sở hữu trí tuệ là một lĩnh vực khác cần sự hợp tác chặt chẽ giữa hải quan và doanh nghiệp. Năm 2010, một công cụ với tên gọi “Giao diện giữa hải quan - doanh nghiệp” đã được khởi xướng nhằm tạo thuận lợi cho việc trao đổi thông tin giữa cơ quan hải quan và chủ sở hữu quyền. Công cụ này gồm nhiều chức năng khác nhau, từ thiết lập cơ sở dữ liệu về hàng giả/ hàng nhái để cung cấp cho nhân viên hải quan tại biên giới theo thời gian thực đến hỗ trợ họ phân biệt hàng thật với hàng giả/hàng nhái.

Do tầm quan trọng của mối quan hệ này, WCO đã lựa chọn quan hệ đối tác hải quan - doanh nghiệp là chủ đề của ngày Quốc tế hải quan trong năm 2010, theo đó cộng đồng hải quan quốc tế cùng nhau hỗ trợ và cải thiện mối quan hệ này để thực hiện các mục tiêu cơ bản, đặc biệt là nâng cao hiệu quả kiểm soát hải quan và tạo thuận lợi cho thương mại. Các chủ đề được lựa chọn cho các năm tiếp theo về quan hệ đối tác hải quan - doanh nghiệp lần lượt là 2011: “Kiến thức”; 2012: “Kết nối”.