Theo Tổng cục Hải quan, việc miễn thuế nhập khẩu phụ tùng thay thế của tổ chức, cá nhân hoạt động đường sắt thực hiện theo điểm d Điều 6 Luật Đường sắt số 06/2017/QH14 (ban hành ngày 12/5/2018, có hiệu lực ngày 1/7/2018).

Theo đó, các tổ chức, cá nhân hoạt động đường sắt được hưởng ưu đãi hỗ trợ như sau: "Được miễn thuế nhập khẩu đối với máy móc, thiết bị, phụ tùng thay thế, phương tiện giao thông đường sắt, nguyên liệu, vật tư dùng để chế tạo máy móc, thiết bị cần thiết cho hoạt động đường sắt và vật tư cần thiết cho xây dựng kết cấu hạ tầng đường sắt mà trong nước chưa sản xuất được".

Bên cạnh đó, theo Điều 1 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ quy định về phạm vi, đối tượng áp dụng thì: "Nghị định này quy định về đối tượng chịu thuế; áp dụng thuế suất thuế xuất nhập khẩu, thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu; miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế xuất nhập khẩu. Nghị định này áp dụng đối với: người nộp thuế theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; cơ quan hải quan, công chức hải quan; tổ chức, cá nhân có quyền và nghĩa vụ liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu; cơ quan, tổ chức có liên quan đến việc thực hiện các quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu". Cũng tại Điều 31 của Nghị định này cũng quy định rõ về hồ sơ, thủ tục miễn thuế khi làm thủ tục hải quan.

Đối chiếu với các quy định nêu trên, tổ chức, cá nhân hoạt động đường sắt tại dự án Đường sắt đô thị Hà Nội tuyến Cát Linh - Hà Đông được miễn thuế nhập khẩu (từ ngày 1/7/2018) đối với hàng hóa nhập khẩu là phụ tùng thay thế trong nước chưa sản xuất được theo quy định tại điểm d khoản 2 Điều 6 Luật Đường sắt để phục vụ dự án.

Hồ sơ miễn thuế nhập khẩu thực hiện theo quy định tại Điều 31 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP. Khi làm thủ tục hải quan, ngoài các chứng từ theo quy định của pháp luật về hải quan thì các nhà thầu nhập khẩu phụ tùng thay thế của dự án phải nộp thêm giấy báo trúng thầu hoặc giấy chỉ định thầu; hợp đồng xây lắp, sửa chữa, thi công hoặc hợp đồng cung cấp hàng hóa cho tổ chức, cá nhân hoạt động đường sắt, trong đó ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu. Cơ quan hải quan thực hiện miễn thuế trong quá trình thông quan theo quy định của pháp luật hiện hành.

Đối với việc điều chỉnh danh mục miễn thuế, khoản 5 Điều 30 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP quy định: "Trường hợp Danh mục miễn thuế đã thông báo có sai sót hoặc cần sửa đổi, chủ dự án thông báo Danh mục miễn thuế sửa đổi trước thời điểm nhập khẩu hàng hóa kèm theo các tài liệu liên quan để chứng minh việc bổ sung, điều chỉnh là phù hợp với nhu cầu của dự án".

Theo quy định trên, Tổng cục Hải quan đề nghị Ban Quản lý dự án Đường sắt phối hợp với Cục Hải quan TP. Hà Nội để được hướng dẫn cụ thể về việc điều chỉnh Danh mục miễn thuế. Trường hợp phát sinh vướng mắc, Cục Hải quan TP. Hà Nội báo cáo và đề xuất hướng xử lý gửi Tổng cục Hải quan để được hướng dẫn cụ thể.