Theo Thông tư quy định, thương nhân kinh doanh bán hàng miễn thuế sử dụng hóa đơn theo quy định hiện hành về việc in, phát hành, sử dụng và quản lý hóa đơn.

Ngoài ra, tiền mặt, bao gồm VND, đồng ngoại tệ thu được từ hoạt động bán hàng miễn thuế khi đưa ra khỏi cửa hàng miễn thuế phải kèm chứng từ liên quan (như bảng kê, giấy nộp tiền, sổ theo dõi…) và chịu sự giám sát của Chi cục Hải quan quản lý kinh doanh bán hàng miễn thuế. Hàng miễn thuế khi vận chuyển từ kho chứa hàng miễn thuế đến cửa hàng miễn thuế phải kèm phiếu xuất kho để phục vụ công tác kiểm tra, giám sát hải quan.

Ngoài ra, để quản lý hàng hóa nhập, xuất, lưu giữ, tồn kho, tồn quầy của cửa hàng miễn thuế, thương nhân phải có hệ thống sổ sách theo dõi và chương trình phần mềm quản lý cửa hàng miễn thuế. Chương trình phần mềm quản lý kinh doanh bán hàng miễn thuế phải phù hợp với tiêu chuẩn kỹ thuật kết nối của Tổng cục Hải quan và có những chức năng chính sau:

Một là, nạp thông tin, tra cứu, thống kê được số lượng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, hàng tồn tại cửa hàng miễn thuế, kho chứa hàng miễn thuế theo từng mặt hàng, đối tượng mua hàng, tờ khai tạm nhập, tờ khai tạm xuất, theo thời gian.

Hai là, sao lưu, kết xuất dữ liệu để phục vụ công tác báo cáo, thống kê, lưu trữ.

Ba là, kết nối trực tuyến với Chi cục Hải quan quản lý kinh doanh bán hàng miễn thuế để phục vụ công tác kiểm tra, kiểm soát.

Những mặt hàng thuộc diện phải dán tem trước khi bày bán tại cửa hàng miễn thuế hoặc trước khi giao cho khách mua hàng trong trường hợp hàng hóa được xuất thẳng từ kho chứa hàng miễn thuế cho khách mua hàng phải được dán tem ‘‘VIETNAM DUTY NOT PAID”.

Bên cạnh đó, trong trường hợp hàng hóa kinh doanh bán tại cửa hàng miễn thuế hết thời hạn tạm nhập, tạm xuất, trước khi làm thủ tục tái xuất, tái nhập, chuyển tiêu thụ nội địa, thương nhân thực hiện gỡ, hủy tem ‘‘VIETNAM DUTY NOT PAID” đã dán lên từng mặt hàng dưới sự giám sát của Chi cục Hải quan quản lý kinh doanh bán hàng miễn thuế.

Thương nhân có trách nhiệm nạp thông tin vào chương trình quản lý kinh doanh bán hàng miễn thuế ngay khi phát sinh trường hợp hàng hóa đưa vào, đưa ra khỏi kho chứa hàng miễn thuế; đưa vào, bán ra khỏi cửa hàng miễn thuế. Định kỳ hàng tháng, thương nhân kết xuất dữ liệu gửi đến Chi cục Hải quan quản lý kinh doanh bán hàng miễn thuế báo cáo bán hàng phát sinh trong tháng.