Thông tư quy định rõ, cơ quan thu phí trích 90% tiền phí thu được để trang trải cho công việc chuyên ngành về y tế dự phòng, kiểm dịch y tế và thu phí theo quy định. Riêng TP. Hồ Chí Minh, cơ quan thu phí kiểm dịch y tế được trích 80% tiền phí thu được, để trang trải cho công việc chuyên ngành về kiểm dịch y tế và thu phí; cơ quan thu phí y tế dự phòng trích 90% tiền phí thu được để trang trải cho công việc chuyên ngành về y tế dự phòng và thu phí theo quy định.

Theo đó, các hoạt động y tế dự phòng bao gồm: Xét nghiệm phát hiện bệnh; xét nghiệm mẫu nước ăn uống, sinh hoạt, nước thải và khí thải; kiểm định vắc xin, sinh phẩm; tạo mẫu và định loại véc tơ; chích ngừa.

Ngoài ra, các hoạt động kiểm dịch y tế gồm: Diệt chuột, côn trùng; khử trùng; tiêm chủng, áp dụng biện pháp dự phòng và chứng nhận tiêm chủng quốc tế hoặc áp dụng biện pháp dự phòng; kiểm dịch y tế thi thể, hài cốt, tro cốt, mẫu vi sinh y học, sản phẩm sinh học, mô, bộ phận cơ thể người; kiểm dịch y tế hàng hóa xuất, nhập, quá cảnh; kiểm dịch y tế các cơ sở cung ứng thực phẩm cho tàu thuyền, tàu bay, tàu hỏa, khu vực cửa khẩu; các xét nghiệm; kiểm dịch y tế phương tiện xuất, nhập, quá cảnh; kiểm dịch y tế hàng hóa xuất, nhập, quá cảnh qua cửa khẩu đường bộ.

Mức thu phí y tế dự phòng, kiểm dịch y tế quy định bằng VND thì thu bằng VND; Mức thu quy định bằng USD thì thu bằng USD hoặc bằng VND trên cơ sở quy đổi USD ra VND theo tỷ giá do Ngân hàng Nhà nước Việt Nam công bố tại thời điểm thu phí.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/3/2014 và bãi bỏ Thông tư số 232/2009/TT-BTC ngày 09/12/2009 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí y tế dự phòng và phí kiểm dịch y tế biên giới.