Thông tư không áp dụng đối với nguồn vốn viện trợ không hoàn lại; trừ trường hợp nhà tài trợ hoặc đại diện có thẩm quyền của nhà tài trợ và Bộ Tài chính chưa có thoả thuận về mức chi thì áp dụng theo mức chi quy định tại Thông tư này; và nguồn vốn đầu tư phát triển.

Thông tư quy định cụ thể nội dung và mức chi chung của Chương trình, như: Chi xây dựng chương trình, giáo trình; tập huấn kiến thức chuyên môn nghiệp vụ cho cộng tác viên, tình nguyện viên; hội nghị, hội thảo chuyên môn; mua thuốc, trang thiết bị y tế...

Mức chi thù lao cho cán bộ xã, phường, thị trấn (gọi tắt là xã) thực hiện các Dự án thuộc Chương trình được quy định cụ thể như sau:

Mức 400.000 đồng/xã/tháng đối với xã đặc biệt khó khăn, xã biên giới, xã an toàn khu vùng dân tộc và miền núi. Mức 300.000 đồng/xã/tháng đối với các xã còn lại và là xã trọng điểm của một loại bệnh thuộc dự án 1 hoặc xã trọng điểm thuộc một trong các dự án 2, 3 và 4. Đối với xã trọng điểm của nhiều loại bệnh thuộc dự án 1 hoặc các dự án 2, 3 và 4: Ngoài mức chi quy định tại điểm a, b khoản này, được hỗ trợ thêm 50.000 đồng/xã/tháng/bệnh (hoặc dự án).

Việc lập, phân bổ dự toán kinh phí thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia Y tế giai đoạn 2012-2015 theo các quy định của Luật Ngân sách nhà nước, các văn bản hướng dẫn Luật, văn bản về quản lý, điều hành chương trình mục tiêu quốc gia và các quy định liên quan hiện hành.

Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 1/10/2013.