Địa điểm đăng ký tờ khai hải quan đã được quy định rõ tại Điều 22 Luật Hải quan 2014 là trụ sở Cục Hải quan, trụ sở Chi cục Hải quan. Hướng dẫn nội dung này, tại Điều 4 Nghị định 08/2015/NĐ-CP quy định: Thủ tướng Chính phủ ban hành danh mục, đồng thời bổ sung kho hàng không kéo dài vào địa điểm đăng ký tờ khai.

Triển khai quy định này, tại Điều 19 dự thảo Thông tư đã quy định rõ, đối với hàng xuất khẩu: Địa điểm đăng ký tờ khai hải quan tại Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất hàng hoặc nơi doanh nghiệp có trụ sở hoặc nơi có cơ sở sản xuất hoặc nơi tập kết hàng hóa xuất khẩu.

Đối với hàng hóa nhập khẩu: Địa điểm đăng ký tờ khai hải quan tại Chi cục Hải quan cửa khẩu nơi lưu giữ hàng hóa, nơi hàng hóa được chuyển cửa khẩu đến.

Riêng hàng gia công, sản xuất xuất khẩu, chế xuất, khu phi thuế quan, xuất nhập khẩu tại chỗ, kho ngoại quan, hàng tạm nhập tái xuất thực hiện theo hướng dẫn riêng tại Nghị định 08/2015/NĐ-CP và quy định tại dự thảo Thông tư này.

Quy định về hủy tờ khai hải quan, tại Điều 22 dự thảo Thông tư bổ sung quy định hủy tờ khai khi hàng hóa đã đưa vào khu vực giám sát với điều kiện tờ khai phải chưa thực hiện hoàn thuế, không thu thuế. Sau khi hủy tờ khai, Chi cục Hải quan phải thông báo cho cơ quan quản lý thuế để theo dõi, không xử lý thuế.

Về trình tự hủy tờ khai, dự thảo thông tư bổ sung quy định về thời hạn giải quyết và trách nhiệm rà soát, xác minh đối với các trường hợp thuộc diện bị hủy nhưng doanh nghiệp không đề nghị hủy.