Đối tượng áp dụng của Thông tư này là các cơ quan, đơn vị, tổ chức Nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội và hội có tính chất đặc thù ở trung ương, địa phương được giao sử dụng ngân sách nhà nước trực tiếp thực hiện nhiệm vụ chuyên môn thuộc công tác bảo vệ bí mật nhà nước.

Nguồn kinh phí thực hiện nhiệm vụ chuyên môn thuộc công tác bảo vệ bí mật nhà nước do ngân sách nhà nước bảo đảm theo phân cấp hiện hành và được bố trí trong dự toán kinh phí được giao hàng năm của cơ quan, tổ chức theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và các văn bản pháp luật khác có liên quan. Kinh phí bảo đảm cho công tác  bảo vệ bí mật nhà nước phải được quản lý, sử dụng đúng mục đích, đúng chế độ hiện hành và theo các quy định tại Thông tư này.

Các mức chi quy định tại Thông tư này là mức chi tối đa. Căn cứ vào tình hình thực tế, tính chất phức tạp của từng nhiệm vụ chi và khả năng ngân sách, người đứng đầu cơ quan, tổ chức quyết định mức chi cụ thể cho phù hợp, đảm bảo không vượt quá mức chi quy định tại Thông tư này.

Trường hợp nội dung chi chưa có quy định của cấp có thẩm quyền về chế độ định mức chi thì người đứng đầu cơ quan, tổ chức quyết định mức chi căn cứ vào chế độ, định mức, đơn giá của ngành có công việc tương tự hoặc mức chi thực tế (có chứng từ hợp pháp, hợp lệ) trong phạm vi dự toán được giao và chịu trách nhiệm về quyết định của mình.