Nội dung quan trọng này được quy định rõ tại Thông tư số 31/2021/TT-BTC về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế do Bộ Tài chính ban hành ngày 17/5/2021.

Theo đó, cơ quan thuế căn cứ danh sách người nộp thuế phân loại theo các mức rủi ro trong quản lý hóa đơn, chứng từ để áp dụng các biện pháp quản lý.

Cụ thể, đối với mức rủi ro cao, đưa vào danh sách thực hiện rà soát, kiểm tra tại trụ sở của cơ quan thuế, bổ sung kế hoạch kiểm tra thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế hàng năm theo quy định tại Luật Quản lý thuế, các văn bản hướng dẫn thi hành và các văn bản quy phạm pháp luật khác có liên quan. Trên cơ sở kết quả kiểm tra, thanh tra thực hiện chuyển hình thức sử dụng hóa đơn đang thực hiện sang thực hiện mua hóa đơn của cơ quan thuế hoặc sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc thực hiện các biện pháp quản lý hóa đơn khác theo quy định hiện hành; quyết định hình thức sử dụng hóa đơn đối với người nộp thuế sử dụng hóa đơn lần đầu.

Trong khi đó, đối với mức rủi ro trung bình và rủi ro thấp, cần thực hiện chọn mẫu để rà soát, kiểm tra, xử lý và tăng cường hỗ trợ người nộp thuế tuân thủ tốt các quy định pháp luật về hóa đơn. Tổng cục Thuế quy định phương pháp chọn mẫu phù hợp theo yêu cầu quản lý thuế của từng địa phương, trong từng thời kỳ.

Bên cạnh đó, Thông tư số 31/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính cũng quy định áp dụng quản lý rủi ro trong các nghiệp vụ khác, cơ quan thuế sẽ căn cứ mức độ rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ khác và các thông tin nghiệp vụ, cơ quan thuế quyết định áp dụng các biện pháp nghiệp vụ phù hợp theo chức năng, nhiệm vụ.