Cụ thể, tại Điều 19, Thông tư số 31/2021/TT-BTC quy định rõ, cơ quan thuế lựa chọn trường hợp thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế phải đảm bảo các tiêu chí sau: trường hợp được lựa chọn qua phân tích, đánh giá tuân thủ pháp luật thuế và phân loại mức độ rủi ro người nộp thuế không dưới 90% số lượng trường hợp được thanh tra, kiểm tra theo kế hoạch hàng năm; trường hợp được lựa chọn ngẫu nhiên không quá 10% số lượng trường hợp được thanh tra, kiểm tra theo kế hoạch hàng năm.

Việc lựa chọn người nộp thuế để xây dựng kế hoạch thanh, tra kiểm tại trụ sở của người nộp thuế căn cứ danh sách người nộp thuế phân loại theo các mức rủi ro về hoạt động thanh tra, kiểm tra thuế, cơ quan thuế lựa chọn các trường hợp thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế như sau: 

- Lựa chọn trường hợp thanh tra: Lựa chọn người nộp thuế dự kiến đưa vào kế hoạch thanh tra năm tại trụ sở của người nộp thuế theo kết quả xếp hạng rủi ro từ cao xuống. 

- Lựa chọn trường hợp kiểm tra: Lựa chọn người nộp thuế dự kiến đưa vào kế hoạch kiểm tra năm tại trụ sở của người nộp thuế theo kết quả xếp hạng rủi ro từ cao xuống và không trùng lặp với người nộp thuế đã được lựa chọn đưa vào kế hoạch thanh tra năm tại trụ sở của người nộp thuế theo kết quả xếp hạng rủi ro từ cao xuống.

Việc áp dụng quản lý rủi ro trong lựa chọn người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro để xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế phải tránh trùng lặp, chồng chéo theo quy định tại Luật Quản lý thuế, các văn bản hướng dẫn thi hành và các văn bản quy phạm pháp luật khác có liên quan.

Đối với trường hợp cơ quan thuế trong công tác quản lý thuế có thông tin tin cậy làm giảm mức độ rủi ro của người nộp thuế tới mức thấp hoặc có cơ sở cho rằng mức độ rủi ro của người nộp thuế là thấp chưa đưa vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra năm thì cơ quan thuế quyết định không lựa chọn người nộp thuế đó vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra và lựa chọn người nộp thuế khác theo quy định để đưa vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra năm.

Trường hợp trong công tác quản lý thuế, có thông tin được thu thập và xác minh được người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro cao thì cơ quan thuế lựa chọn bổ sung vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra năm. Cơ quan thuế chịu trách nhiệm về các quyết định thay đổi của mình.

Việc xây dựng và thẩm quyền phê duyệt kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế; danh sách bổ sung, điều chỉnh kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế tại Điều 19 được thực hiện theo quy định tại Luật Quản lý thuế, các văn bản hướng dẫn thi hành và các văn bản quy phạm pháp luật khác có liên quan.

Cơ quan thuế căn cứ kết quả phân tích rủi ro bằng ứng dụng công nghệ thông tin hoặc rủi ro từ phân tích nghiệp vụ, thông tin từ thực tế công tác quản lý thuế để xác định nội dung, phạm vi thanh tra, kiểm tra thuế.

Thông tư số 31/2021/TT-BTC có hiệu lực thi hành kể từ ngày 02/07/2021 đồng thời thay thế Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 của Bộ Tài chính quy định về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế