Quyết định số 1583/QĐ-NHNN  nêu rõ, Ngân hàng Nhà nước (NHNN) Việt Nam thực hiện thanh toán tiền giao dịch trái phiếu chính phủ (TPCP) theo lệnh chuyển tiền của Ngân hàng thành viên thanh toán bên mua/tổ chức (bên) mua thanh toán tiền trực tiếp sau khi đã đối chiếu khớp đúng với dữ liệu về nghĩa vụ thanh toán tiền (dữ liệu thanh toán tiền) từ Trung tâm Lưu ký chứng khoán (VSD); Trao đổi, xác thực, đối chiếu các thông tin về thanh toán tiền giao dịch TPCP với VSD;

Bên cạnh đó, Ngân hàng Nhà nước thực hiện hỗ trợ thanh toán tiền cho Ngân hàng thành viên thanh toán, thành viên lưu ký là ngân hàng thương mại, tổ chức mở tài khoản trực tiếp là ngân hàng thương mại thông qua nghiệp vụ thấu chi, cho vay qua đêm theo quy định hiện hành của NHNN để khắc phục tình trạng tạm thời thiếu hụt vốn trong thanh toán qua hệ thống thanh toán liên ngân hàng; đồng thời, thực hiện giám sát hệ thống thanh toán tiền giao dịch TPCP.

Quy trình thanh toán tiền giao dịch TPCP, VSD lập và gửi Thông báo thanh toán tiền/TPCP cho thành viên lưu ký, tổ chức mở tài khoản trực tiếp, Kho bạc Nhà nước; Thông báo thanh toán tiền giao dịch TPCP cho Ngân hàng thành viên thanh toán; Bảng tổng hợp dữ liệu thanh toán tiền giao dịch TPCP cho Sở Giao dịch NHNN;

Đồng thời,  Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam trao đổi, xác thực, đối chiếu các thông tin về thanh toán tiền giao dịch TPCP với Sở Giao dịch NHNN; Thực hiện chuyển giao TPCP ngay khi nhận được thông báo kết quả thanh toán tiền giao dịch TPCP từ Sở Giao dịch NHNN.

Bên cạnh đó, các tổ chức thanh toán tiền trực tiếp bao gồm Sở Giao dịch NHNN, Ngân hàng thành viên thanh toán, thành viên lưu ký là ngân hàng thương mại, tổ chức mở tài khoản trực tiếp là ngân hàng thương mại và Kho bạc Nhà nước. Tổ chức thanh toán tiền trực tiếp sử dụng tài khoản tiền gửi thanh toán tại Sở Giao dịch NHNN để thanh toán tiền cho các giao dịch TPCP thông qua hệ thống thanh toán liên ngân hàng.

Tổ chức thanh toán tiền gián tiếp bao gồm công ty chứng khoán là thành viên lưu ký, tổ chức mở tài khoản trực tiếp không phải là ngân hàng thương mại và VSD. Tổ chức thanh toán tiền gián tiếp mở tài khoản tại Ngân hàng thành viên thanh toán để thực hiện thanh toán tiền giao dịch TPCP của mình và khách hàng của mình.