Bỏ điều kiện về thời hạn 365 ngày đối với một số trường hợp, cụ thể:

Tổ chức, cá nhân NK nguyên liệu, vật tư sản xuất sản phẩm sau đó bán sản phẩm (sản phẩm hoàn chỉnh hoặc sản phẩm chưa hoàn chỉnh) cho DN khác để trực tiếp sản xuất, gia công hàng hóa XK thì sau khi tổ chức, cá nhân sản xuất, gia công hàng hóa XK đã XK sản phẩm ra nước ngoài, DN NK nguyên liệu, vật tư được hoàn thuế NK tương ứng với phần tổ chức cá nhân khác dùng sản xuất sản phẩm và đã thực XK nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện quy định.

Hàng hóa đã XK nhưng phải NK trở lại Việt Nam được xét hoàn thuế XK đã nộp và không phải nộp thuế NK.

Hàng hóa NK nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan được xét hoàn lại thuế NK đã nộp tương ứng với số lượng hàng thực tế tái xuất và không phải nộp thuế XK.

Bỏ nhiều giấy tờ trong hồ sơ hoàn thuế

Quy định về hồ sơ hoàn thuế, từ Điều 115 đến Điều 127 dự thảo Thông tư đã lược bỏ nhiều giấy tờ, tài liệu so với quy định tại Thông tư 128/2013/TT-BTC để phù hợp với chủ trương cải cách thủ tục hành chính.

Theo đó, về cơ bản hồ sơ hoàn thuế gồm: Công văn đề nghị hoàn thuế trong đó nêu rõ số tờ khai hải quan hàng hóa XNK đề nghị hoàn thuế; tên hàng, số thứ tự dòng hàng, số lượng hàng hóa trên tờ khai hải quan (đối với trường hợp đề nghị hoàn thuế một phần của tờ khai hải quan); Số tiền thuế XNK đã nộp; số tiền thuế XK, NK yêu cầu hoàn. Ngoài ra tùy từng trường hợp đặc thù DN phải nộp chứng từ liên quan.

Riêng về chứng từ thanh toán hàng XK trong hồ sơ hoàn thuế, tại Thông tư số 128/2013/TT-BTC quy định trong hồ sơ hoàn thuế có bao gồm chứng từ thanh toán hàng XK, không phân biệt trường hợp hoàn trước kiểm sau, kiểm trước hoàn sau. Tuy nhiên, trên thực tế, chứng từ thanh toán là căn cứ cần thiết để xét hoàn thuế cho DN để đảm bảo việc có thực tế XK, cụ thể là: để được hoàn trước kiểm sau thì phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng (như quy định của Luật Quản lý thuế), đối với hồ sơ thuộc diện kiểm trước hoàn sau thì khi kiểm tra hải quan có thể kiểm tra chứng từ thanh toán nếu cần để xác định có thực tế xuất khẩu.

Vì vậy, để rõ ràng và phù hợp với quy định của Luật Quản lý thuế về điều kiện phân loại hồ sơ hoàn thuế trước kiểm tra sau, dự thảo Thông tư sửa đổi theo hướng chuyển chứng từ thanh toán trong hồ sơ hoàn thuế sang quy định thành một trong các điều kiện để được hoàn thuế trước, kiểm tra sau.

DN tự quyết thời hạn nộp hồ sơ không thu thuế

Thông tư 128 quy định thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế chậm nhất 60 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai XK cuối cùng đối với trường hợp hoàn thuế, không thu thuế NK; chậm nhất 60 ngày đăng ký tờ khai NK cuối cùng đối với trường hợp hoàn thuế, không thu thuế XK.

Để cải cách thủ tục hành chính và phù hợp thực tế, Điều 128 dự thảo Thông tư sửa đổi quy định về thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế theo hướng: Không quy định thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế (thực hiện theo nguyên tắc, tổ chức cá nhân đã nộp thuế thì tự quyết định thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế), chỉ quy định thời hạn nộp hồ sơ không thu thuế NK, XK.

Sửa đổi quy định đối với hàng hóa NK để sản xuất hàng hóa XK theo hướng: chậm nhất là ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính, người nộp thuế nộp hồ sơ không thu thuế NK tương ứng với các tờ khai hàng hóa XK phát sinh trong năm tài chính cho cơ quan Hải quan. Người nộp thuế tự quyết định việc nộp hồ sơ không thu thuế NK một lần cùng với báo cáo quyết toán theo quy định tại Điều 59 dự thảo Thông tư này hoặc nhiều lần trong thời hạn quy định trên.

Cùng với đó, kế thừa quy định tại Thông tư 128 về thời hạn nộp hồ sơ không thu thuế đối với các trường hợp khác là 60 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hàng hóa XK, NK cuối cùng.

Bổ sung thêm điều kiện về phân loại hồ sơ hoàn thuế

Nếu như Thông tư 128/2013/TT-BTC quy định việc phân loại hồ sơ hoàn thuế theo hướng: liệt kê cụ thể các trường hợp thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, quy định cụ thể các điều kiện để được hoàn thuế trước, kiểm tra sau nhưng không bao gồm điều kiện hàng hóa không thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế sau.

Dự thảo Thông tư chung hướng dẫn Luật Hải quan sửa đổi bổ sung theo hướng: Quy định để được phân loại thuộc diện hoàn trước, kiểm tra sau phải đáp ứng đủ các điều kiện, ngoài các điều kiện như Thông tư 128/2013/TT-BTC bổ sung thêm điều kiện không thuộc trường hợp kiểm trước hoàn sau (chuyển các trường hợp kiểm trước, hoàn sau vào thành điều kiện hoàn trước kiểm sau).

Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau là hồ sơ của người nộp thuế không thuộc các trường hợp hoàn thuế trước, kiểm tra sau, trong đó có bổ sung một số trường hợp thuộc diện kiểm trước hoàn sau (trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng hoàn thuế quy định tại khoản 4, 5, 6,7, 8, 9 Điều 113 Thông tư).

Kiểm tra hồ sơ hoàn thuế trong thời hạn 10 năm

Để phù hợp quy định của Luật Quản lý thuế, Điều 129 dự thảo Thông tư đã bổ sung quy định về thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế trước, kiểm tra sau được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

Bên cạnh đó, bổ sung một Điều quy định về kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế tại trụ sở người nộp thuế, theo hướng: Đối với hàng hóa NK để sản xuất hàng hóa XK, trình tự, thủ tục, thẩm quyền thực hiện như kiểm tra báo cáo quyết toán, việc kiểm tra thực hiện cùng với kiểm tra báo cáo quyết toán (trừ trường hợp phải kiểm tra riêng để đảm bảo thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế).

Đối với các trường hợp khác: Trình tự, thủ tục thẩm quyền: thực hiện như kiểm tra báo cáo quyết toán. Nội dung kiểm tra sẽ tập trung vào  Kiểm tra hồ sơ hải quan; hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế; chứng từ kế toán, sổ kế toán; chứng từ theo dõi xuất kho, nhập kho của hàng hóa XNK đề nghị hoàn thuế; chứng từ khác liên quan đến hàng hóa XNK đề nghị hoàn thuế.

Trường hợp kiểm tra nội dung quy định tại điểm b.1 khoản này, cơ quan Hải quan chưa đủ cơ sở quyết định hoàn thuế, không thu thuế thì thực hiện theo hướng: Kiểm tra số lượng hàng hóa còn tồn trong kho; Kiểm tra số lượng hàng hóa chưa XK.